“水华”现象是流域水体蓝藻过量繁殖所形成，蓝藻是一种原始而古老的藻类原核生物，常于夏季大量繁殖，腐败死亡后在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫，称为“水华”。据专家研究表明，“水华”出现，会加剧水质恶化，对鱼类等水生动物，以及人、畜均有较大危害，严重时会造成鱼类的死亡，这主要是因为大量死亡的蓝藻尸体分解时消耗氧气，造成鱼类窒息死亡。更为严重的是，蓝藻中有些种类（如微囊藻）还会产生毒素（简称MC），MC除了直接对鱼类、人畜产生毒害之外，也是肝癌的重要诱因。水华现象的发生，势必影响到人畜饮水安全及水体养殖生产，应采取得力措施进行防控。根据太湖蓝藻治理经验及有关专家介绍，目前治理蓝藻方法有以下几种：
一、人工打捞法
这是最原始和传统的办法，即用人力或者机械的办法，将蓝藻连水带藻一起捞出处理。这种方法的优点是打捞彻底，缺点是工作量大，废时废力，对于大面积蓝藻治理仍难奏效。同时，蓝藻打捞起来后要作适当处理，以免形成二次污染。一般可在附近建设沼气发酵池，利用打捞起来的蓝藻水华产生的能量，对蓝藻进行深度处理或有效物质提取，产生沼气能源，或生产肥料和饲料。研究表明，1立方米的蓝藻(含水95%)可产生沼气25立方米，生产沼气所产生的沼液、沼渣，通过综合利用，也可制作成肥料和饲料，使蓝藻真正变废为宝。
二、以鱼治藻法
蓝藻可以用作淡水鱼类的食物，因此可以通过放养鲢鱼、罗非鱼等类鱼苗或蚌类治理藻类，防止藻类暴发。蓝藻本身就是淡水鱼的食物，可以通过这种生物调控方法控制蓝藻的生长。但是如果水华污染严重，给鱼类的生长也造成了严重影响，使鱼类等形成不了大量种群，那么这种方法也难以控制大规模爆发的蓝藻。
三、植物控制法
利用吸附藻类的植物和其他生物控制水体中的营养物质，抑制藻类过量繁殖，从而建立生态平衡系统。通过控制性放养水葫芦等水生生物，吸附水体中的氮磷等营养物质，抑制蓝藻生长，并开展水葫芦的资源化利用研究，实现综合治理。水葫芦适应性强，繁殖快，曾被世界公认为有害生物，但可以利用竹木浮床、桩柱围网等控制性放养，达到控制蓝藻生长的作用，并通过水葫芦的科学综合开发，达到变废为宝的目的。
四、药物杀灭法
可以使用硫酸铜等化学药物泼洒于水体直接对蓝藻进行杀灭。但硫酸铜具有毒性,会破坏水体正常的生态系统,在养殖特种水产品和海珍品中应持谨慎态度，尤其是涉及人畜饮水的地方不可使用此种方法。
五、注入活水法
可通过人工工程引入其它水系大量的活水，注入到被蓝藻污染的水体，利用大水量将蓝藻连同发臭的水体冲出水系。这种方法的特点是能够对大面积蓝藻进行治理，缺点是没有从根本上治理，而是将污染转移到别的地方，造成异地污染，治标而没有治本，一般不提倡使用。
六、局部剿灭法
可以采取各个击破的方法，将长江各支流的蓝藻拦截、遏杀在支流局部流域内，防止污染面扩大化。根据其他地方的经验，可采取固体浮子式橡胶围油栏，将发生水华现象的长江支流与干流隔离，减少外来的水体水华蓝藻漂移进入干流，并根据风向开启和关闭围栏，辅以适当的人工机械除藻，将蓝藻污染控制并消除在局部地区。同时，在蓝藻水华堆积的近岸局部区域，可以采用相对安全的改性黏土絮凝方法，沉降蓝藻，消除蓝藻在水面堆积、死亡与发臭的状况，改善水质与水域景观。
七、控制污染法
专家强调，从长效治理角度来看，蓝藻水华的形成从根本上还是由于流域中人类活动导致营养盐类等进入湖泊，使湖泊水体营养盐浓度过高，在适当的水文与气象条件下藻类大量繁殖所致。因此，要彻底防治蓝藻水华发生，应针对长江流域河湖密布的特点，建立河网污染控制与生态修复综合示范区，体现区域污染源头控制、河网截污、河口与湖湾净化和湖泊生态修复的“防、控、治一体化”的指导思想，同时继续加强蓝藻水华暴发机理与湖泊环境生态修复技术及示范研究，为根治长江支流水污染提供技术储备和科学支撑。在生产生活中，也应该加强水源污染的防控。如在水源地上游改化肥农业为有机农业，取缔围网养殖，减少农业水源污染。对流域上游工厂关停并转，严格达标排放，加大污染企业处罚力度，限期关闭没有治理或治理仍不达标的污染企业，控制工业污染。在上游小城镇和小城市建设污水处理厂，就地处理控制污染源；在上游农村开展沼气能源建设，使人畜粪便不至流入水体。恢复天然湿地和湿地生态系统，在重要流域退田还湿，恢复天然湿地植被，拒绝应用外来入侵物种。尤其在防治水体蓝藻污染时，要避免二次污染或生物入侵。
