四川省副省长李成云5月19日称，已有全国各地的13000余人次赶赴汶川地震灾区实施疾病防控，对灾区的疫情加强监测，实行传染病疫情零报告和日报告制度。西藏、青海以及来自全国各地的外援防疫人员覆盖了95％的乡镇。四川省省长蒋巨峰5月25日宣布，政府决定对地震灾区儿童进行甲肝、乙脑疫苗强化免疫接种，三天内开始在极重灾区全面实施。
据四川省政府新闻办公室主任侯雄飞25日下午介绍，重灾区卫生防疫工作总覆盖率达到95%，其中成都、绵阳、广元、雅安的受灾村实现全覆盖，德阳的受灾村覆盖95%，阿坝州的汶川、茂县和理县的受灾村覆盖75%。调配出消杀药品3530余吨。无害化处理畜禽尸体1436.43万头(只)。完成环境消毒60474万平方米，完成32933个畜禽规模养殖场无害化处理及消毒。目前，灾区无重大传染病流行疫情和突发公共卫生事件。
此外，省森林公安部门专门呼吁，假若在灾区发生动物死亡等情况，请村民第一时间告知当地指挥部，迅速作出消毒处理。
