据当地渔民介绍，约5年前开始偶尔会捕获到S型的海鱼，除了形状奇怪，畸形鱼身上还长有很多疙瘩。当时每年约能捕到2-3条，渔民们都没有太在意。然而现在，随着畸形海鱼大量被捕到，有明海域的鱼产量急剧下降。根据当地渔业部门的统计，包括富冈、佐贺、长崎、熊本在内的有明海域各县产鱼量从1982年的8万多吨降至2005年的2万多吨，现在数量更少，当地渔民难以维持生计。
东北大学名誉教授、环境生物学家江次洋司氏认为，发生上述现象应该与该海域大量生产海藻、使用酸处理剂有关。酸处理剂是一种包含食用柠檬酸和苹果酸的液体，可以防止海藻病变或褪色。日本有明海域因种植大量海藻，海域中长期要投放酸处理剂。
但是海产厅却认为造成畸形鱼的原因是有明海域处于三块陆地包围中，大大小小的河流携带着污染物排入海中，使得此海域越来越不适应鱼类生存了。目前，有明海出现畸形鱼的原因还在进一步调查中。
