据调查，2007年在长兴县小龙虾养殖区，纤毛虫是造成损失的一大罪魁祸首。在各个主要养殖区都发现有纤毛虫病发生。有的养殖户防治及时，挽回或减少了损失，而很多养殖户未能及时采取有效措施，纤毛虫病使小龙虾大量死亡。同时，在部分养殖池还有出血病、黑鳃病等疾病发生。
同时，水质管理不当也是影响小龙虾正常的生长、脱壳的原因。淡水小龙虾，有些本地人原称阴沟虾，似乎此虾生命力极强，无论什么环境都能生活，养殖淡水小龙虾不需要在水质管理上费什么心思。具体表现在放养前施肥不当，忽视生石灰消毒和改善水质的作用，水质更新不够及时甚至从不加注新水。
长兴县农业局水产站工作人员认为，只要坚持科学养殖，合理经营，小龙虾养殖一定会在得到不断发展，成为农民致富的好途径。
