由于影响水产品质量安全的因素、环节众多，完全解决药残问题，提高水产品质量安全水平是一个长期、复杂艰难的过程。因此，通过专项整治，逐步建立产品从生产加工、流通销售到售后服务的全过程监管链条，及产品质量和食品安全的质量追溯体系和责任追究体系，从而建立水产品质量安全管理的长效机制显得尤其重要。
专项整治期间，各地积极对长效机制的建立进行了尝试。如山东省在养殖主产区莱州、文登、东平等地开展渔民专业合作社建设试点工作，以此作为加强养殖产品质量安全管理的切入点，鼓励其对苗种、饵料、渔药、养殖、出厂等各生产环节，实行统一技术指导、统一标准生产、统一物资采购、统一品牌销售、统一产品质量安全承诺等自我管理与服务；湖南省将水产品质量安全确定为2007年为民办的八件实事之一，纳入了各级渔业主管部门目标管理进行考核，并在全省大力推行产品质量安全承诺制度，实行群防群治；福建省积极联系广东、海南等8省渔业行政主管部门推荐各辖区内在质量安全诚信方面无不良记录的水产骨干企业作为发起单位，向全国水产业界发出质量安全诚信倡议；福建省宁德市成立水产品质量安全专项整治“110”联动中心，方便群众举报及养殖病害防治、合理用药等各类技术问题咨询，形成快速反应机制。
据不完全统计，为切实推进水产品药残专项整治工作，在4个多月的整治期间，农业部及各省市渔业主管部门投入的经费高达2600万元以上。开展了用药知识培训，培训人次达到15.3万多人次。各省市抽检样品数量达到抽检样品约2.7万个，出动执法人员约10万人次，检查养殖场、批发市场5万多个，查处违规案件2215件，立案查处536件，移送司法机关3起，逮捕1人，取缔无证企业175家，吊销执照6家，发出整改通知书1006份，罚款53.64万元，没收违禁渔药7877件（盒），无害化处理水产品1.7万公斤，从而确保了专项整治行动的圆满结束。
