日本捕鲸有一个冠冕堂皇的理由就是：保护水产资源。
但是，事实上这一理由很难说得通。本来就是捕杀珍贵的鲸类，怎么能反倒说是保护水产资源呢？
对此，日本全国渔业协同组合联合会专务宫原邦之的说法是：世界各国都关注水产资源，并展开对水产资源的争夺战，然而，鲸类所吃的鱼是人类渔获量的5倍，为了保护水产资源，有必要适当捕鲸。
这种理由显然站不住脚。海洋生态系统有一个生物链，正是鱼类资源过度捕获才造成鲸类急剧减少，有些品种甚至濒临灭绝。保护水产资源的正确方法应该是减少过度捕鱼，以保持海洋生态的平衡。可是，日本却反其道而行之，在过度捕鱼的同时，又去捕杀正在日益减少的鲸类，这只能对海洋生态环境造成更大的破坏。
理由二：“出于科学调查目的”
对于这次南极捕鲸行动，日本一直宣称是出于“科学调查”的目的，并称这对于鲸类资源的妥善管理和保护很有必要。
但所谓的“调查捕鲸”实际上只是商业捕鲸的一种幌子罢了。可以说，日本是以调查捕鲸之名行商业捕鲸之实。
首先，调查捕鲸没有必要把鲸杀死。因为从日本鲸研究所宣称的“调查捕鲸”的目的来看，主要是掌握对资源管理有用的生物特性值，以及在南极生态系中鲸类的作用、环境变动对鲸类的影响、南极鲸系群的结构等等。这些目标凭借单纯的科学考察即可完成。退一步说，如果不得已杀鲸，也不需要杀死这么大的数目。从日本鲸研究所的计划来看，日本所谓的“调查捕鲸”屠杀了大量的鲸鱼，1987年是300头，1988年是300头，1995至2004年是每年约400头，而2005至2010年计划达到每年约850头。有报道说，日本实际捕杀的鲸远远超过上述公布的数字。
此外，日本捕杀鲸鱼后，大量鲸肉流入市场，为有关部门带来巨大的经济利益。虽然日本诡称这是“调查捕鲸”的副产品，但事实上，这和商业捕鲸没有什么区别。
理由三：“捍卫饮食文化”
还有一种理由是捍卫日本的饮食文化。
据日本捕鲸协会的说法，传说日本人5000年前就捕杀游到岸边的鲸，供人食用。公元8世纪，史书就有正式捕鲸的记载，而到了江户时代，鲸肉成为江户、大阪等地人们喜欢的料理。
日本人有一种习惯，一边吃着某种东西，一边要表示感谢，对鲸也不例外。在日本历史上，渔师们会为鲸立碑，供奉鲸灵。19世纪后半期，日本传统的捕鲸技术与西洋的捕鲸技术相结合，捕鲸量大大提高。战后，日本粮食供应困难，大量捕鲸帮助日本解决饥饿问题。
1986年，国际捕鲸委员会通过了《全球禁止捕鲸条约》，严格禁止商业捕鲸，日本部分媒体便煽动民众的不满情绪，竭力鼓吹日本捕鲸的正当性。他们在科学调查的名目之下，依然进行着各种形式的捕鲸行动。
如今，日本早已过了当初食物短缺的年代，饭桌上各种鱼类应有尽有，但日本人却还在维持着吃鲸的传统。日本有很多提供鲸肉的料理店，供应的菜品包括鲸刺身、炸鲸肉、煮鲸肉等等，有很多年轻时曾靠鲸肉充饥的老者还常常光顾。记者也曾在日本的超市里看到过有鲸肉块出售，此外，还有鲸肉火腿、鲸油、鲸罐头等等。据西方环保组织估计，每年有大约2000吨鲸肉在日本市场上流通。
日本有的地方还鼓励学生吃鲸肉。据报道，为了延续捕鲸传统和鲸肉饮食文化，2004年，有约85%的和歌山公立中小学校让学生吃鲸肉。千叶县柏市还举办“鲸食文化节”，让参加者试吃炸鲸肉，以加深对所谓捕鲸文化的理解。甚至有的日本人认为，禁止捕鲸是对日本饮食文化的亵渎。
关键还是商业利益
那么为什么一些日本人如此热衷于所谓的“鲸食文化”？除了有些因循守旧的色彩外，问题的关键还是商业利益在其中作祟。
总体看来，支持捕鲸的团体组织大多是渔业部门。其实，鲸肉并不太受人们欢迎，有很多吃过的人都感觉肉丝粗糙，一点都不好吃。但调查表明，还是有4%的人爱吃鲸肉。对于渔业部门来说，这也是一个不小的数目。而且，和捕鱼相比，掌握现代技术之后，捕鲸相对要容易一些。因此，最积极主张捕鲸的大多都是渔业团体。每年国际捕鲸委员会召开会议之际，日本一些地方渔业组织就会站出来，或发表宣言，或到会议现场宣传自己的主张，与环保组织论战。在国内，这些团体还专门出书宣传捕鲸的正当性。
与此同时，普通日本民众对捕鲸问题的严重性和危害性认识明显不足。2001年，社团法人新情报中心对国民进行的捕鲸问题调查表明，有75.5%的日本人赞成世界各国科学捕鲸，反对的只有9.9%，而对日本沿海科学捕鲸有71.9%的人表示赞同。2006年11月雅虎日文网站的民意调查则表明，竟有90%的日本人支持重开商业捕鲸。
日本外务省也对捕鲸表示过支持。2005年12月，日本外务省对国内表明的立场是：反对捕鲸的国家依然在世界上占大多数，要他们认可日本的主张并非易事；基于鲸是海洋生物资源之一，在适当科学保护的同时，应该认同可持续利用；在下次国际捕鲸委员会的会议上，要继续坚韧地交涉，让有关各国加深对日本立场的理解。
日本的捕鲸行动已经遭到全世界的反对，但日本不仅没有罢手，反而还竭力在国际捕鲸委员会的会议上争取重开商业捕鲸，这场捕鲸与反捕鲸的斗争看来还将继续下去。
