吐鲁番市疑似高致病性禽流感疫情发生后，市委、市政府高度重视，立即启动《吐鲁番市重大动物疫病防治应急预案》，在国家农业部、自治区人民政府和地委、行署的正确领导和有力部署指导下，迅速行动，把防控工作作为当前的重中之重来抓，按照“加强领导、密切配合，依靠科学、依法防治，群防群控、果断处置”的方针，多次召开紧急会议，专门对防控工作进行了明确部署，切实落实各项措施，狠抓排查、设卡、扑杀、无害化处理、消毒、环境整治等关键环节，扎实有效、紧张有序地开展各项防控工作。
吐鲁番市加强和充实了吐鲁番市高致病禽流感防控指挥部。防控指挥部从畜牧、财政、工商、高昌和老城街道办事处等部门抽调人员组成，立即制定下发了《吐鲁番市高致病性禽流感防控应急实施方案》，成立了排查组、扑杀组、技术处理组等十个工作组，全面开展高致病性禽流感疫情防控工作，在防疫资金、物资贮备、疫情监测点设立等方面都做好了临战准备，
加强疫区封锁控制，设立消毒检查关卡，严防疫情向周边地区扩散。在312国道吐鲁番收费站、火焰山设立了2处消毒检查站，在疫区主要路口设立了5处消毒检查站，实行24小时值班制度，对来往车辆人员严格消毒检查，严禁疫区的活禽及相关制品流通，严厉查处从疫区收购、加工、贩卖病死禽的行为。目前，消毒检查过往车辆11920辆。
认真开展疫区家禽排查工作。及时组织356名工作人员，在疫点3公里范围内的疫区排查家禽32665只；受威胁区排查家禽33711只。
及时下发了疫区封锁令和家禽扑杀令，严格按照疫情处置规范要求。对疫区内所有家禽进行扑杀，对易受污染的畜禽舍、禽类产品集散地、畜禽粪便堆积地、畜禽定点屠宰场（点）、家禽交易市场和受禽粪便污染的地方，进行了无害化处理和全面彻底消毒。
1月5日凌晨6点15分，吐鲁番市高致病性禽流感疫区家禽的扑杀工作全部结束。全市开展了三次扑杀行动，出动743人，车辆85台次，共扑杀家禽35170只。1月1日，疫点扑杀鸡3050只；1月3日至4日，疫区扑杀家禽26385只，其中规模养鸡场8户，扑杀鸡23388只，散养家禽户254户，扑杀家禽2997只，其中鸡1224只（包括439只斗鸡），鸽子1726只，鸭子9只，鹅38只；1月5日凌晨1时30分，对疫区内留观查看的两户养殖场的3635只鸡进行扑杀，并进行了无害化处理和彻底消毒，累计无害化处理粪便（垫料）32吨，销毁饲料6054公斤；紧急从林业、园林、农技等部门调用了3台大型喷雾机械，每天对疫区养殖场（点）实施2次消毒，共消毒疫点、疫区的鸡舍及周围环境15718平方米。
