这6个保护区分别是：海州湾中国对虾国家级水产种质资源保护区，太湖银鱼翘嘴红鲌秀丽白虾国家级水产种质资源保护区，洪泽湖青虾河蚬国家级水产种质资源保护区，阳澄湖中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区，长江靖江段中华绒螯蟹鳜鱼国家级水产种质资源保护区，蒋家沙竹根沙泥螺文蛤国家级水产种质资源保护区。
这些保护区的建立，对于有效对虾、中华绒螯蟹等国家重点保护经济水生动植物和地方珍稀特有水生物种及其产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等重要繁衍栖息水域，对于保护太湖、洪泽湖等水产种质资源高度集中区域，协调开发建设与保护利用的关系，减少对重要渔业水域和水域生态功能区的不合理占用，强化保护水生生物多样性和水域生态系统完整性等具有重要意义。
