从保护区生态类型来看，江河类有19个，湖泊类有11个，海湾类有6个，岛礁类有3个，滩涂类有1个；从保护区分布来看，黑龙江流域有6个，黄河流域有9个，长江中下游有10个，珠江流域有5个，黄渤海区有6个，东海区有3个，南海区有1个。
这些保护区的建立，一是可有效保护大黄鱼、海参、鲍鱼、对虾、梭子蟹、中国龙虾、四大家鱼、中华绒螯蟹、黄河鲤、兰州鲶、大麻哈鱼等三百多种国家重点保护经济水生动植物和地方珍稀特有水生物种，其中已列入《国家重点保护经济水生动植物资源名录》有68种，占《名录》收录物种的41%。二是可有效保护上述物种产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等重要繁衍栖息水域，对于保护辽东湾、莱州湾、渤海湾、海州湾、官井洋、青海湖、太湖、鄱阳湖、洞庭湖、洪泽湖、梁子湖等水产种质资源高度集中区域，为渔业的可持续发展提供必要的支持。三是可有效协调开发建设与保护利用的关系，减少水利水电建设、交通航运和海洋海岸工程建设对重要渔业水域和水域生态功能区的不合理占用，强化保护水生生物多样性和水域生态系统完整性。
