水产养殖在菲律宾有悠久的传统，沿岸池塘养殖可追溯到15世纪，咸淡水池塘养鱼居水产养殖的主导地位。现在，菲律宾的水产养殖业正朝着多样化的方向发展，淡水池塘养鱼、软体动物养殖、网箱和网围鱼类养殖和藻类养殖都有所发展。
菲律宾水产业近年来快速增长，水产养殖在水产业中的增长速度最快。据相关资料显示，目前在水产行业下属的三个产业中，水产养殖业增长率最高，其次是地方捕鱼和商业捕鱼。水产养殖的产量主要来自池塘养殖(淡水和咸淡水)、网箱和网围养殖(淡水和海水)及海水养殖。
淡水养殖包括池塘、网围和网箱养殖。养殖的鱼类以鲢、鳙、鲤等鲤科为主，养殖地区目前以科迪耶拉和比科尔为主。
菲律宾淡水养殖罗非鱼始于1950年，菲政府从泰国引进莫桑比克罗非鱼。由于菲律宾气候适于罗非鱼的生长繁殖，加上品种经过遗传育种改良，产量快速增长。菲律宾淡水养殖水面以山塘、水库为主，面积为5000平方米～2万平方米，养殖方式有池养、网箱和稻田养殖等。
咸淡水养殖是菲律宾最主要的水产养殖活动。用于咸淡水池塘养殖的水面有14.3万公顷，占水产养殖生产总水面的94%。主要养殖品种有遮目鱼、对虾、罗非鱼、石斑鱼、尖吻鲈。
遮目鱼是菲律宾咸淡水养殖的重要品种，已有500年的养殖历史，其养殖方式主要有单养和混养。近几十年发展一直很快，但近些年来产量有所下滑，其原因是土地昂贵，渔塘面积缩小，滥捕及污染，资金缺乏等。
在虾类养殖方面，菲律宾主要的养殖品种有斑节对虾、墨吉对虾、印度对虾和新对虾属。养殖方式多采用半精养和精养，以吕宋岛、米沙鄢群岛和棉兰老岛为主要的养殖地区。由于养虾密度增加，疾病滋生，环境恶化，加之出口市场的局限等原因，虾养殖受到一定的冲击，但产量仍然保持上升趋势。
海水养殖在菲律宾全国沿岸海区进行，养殖种类有牡蛎、贻贝和藻类。菲律宾养殖牡蛎的品种有黄唇巨牡蛎、马拉翁牡蛎、掌根牡蛎和僧帽牡蛎四种，养殖区集中在北部，养殖方式有地播、桩养和吊养。近年来因水土流失、红树林减少等影响，牡蛎养殖正受到威胁。菲律宾养殖贻贝主要是翡翠贻贝，养殖方式为插桩法、垂下法、浮筏法、托盘法等，主要养于巴库尔湾，苗种主要依赖于自然附苗。
在菲律宾的海水养殖中，藻类的产量所占比重最大，在东南亚国家中居首位，在全球高居第二位。年产量在60万吨以上，主要集中在中南部。有经济价值的藻类有麒麟菜、蕨藻、江篱、石花菜和马尾藻等。90%的藻类产量来自麒麟菜和蕨藻。
虽然菲律宾水产养殖历史悠久并一直在发展，但由于技术设备等比较落后，在一定程度上制约了菲律宾水产养殖的发展。菲政府为了解决这个问题，做了很多的努力。比如：实施渔业管理和发展计划，引进先进技术，正确使用渔具和政府资助养殖生产者，使水产养殖渔业产量快速增长。菲律宾政府近年来加大水产品的出口，尤其是水产养殖产品出口，据相关资料显示，菲律宾水产养殖产品出口从上世纪80年代到本世纪一直保持上升趋势。菲律宾政府积极与各国加强水产业合作，尤其是与中国合作，2004年，中菲签署了两国渔业合作谅解备忘录，该备忘录的签署，将两国渔业合作纳入政府部门间合作框架，从而建立起两国渔业合作的新机制。2007年菲律宾国家经济发展部官员在接受“中国———东盟合作之旅”广播电视联合采访团采访时表示，期待着和中方在渔业领域开展更多合作，这为菲律宾与中国的水产养殖合作提供了良好平台。
