但是现在，情况可不大一样了。由于对沿海的过度开发使得海藻场和浅滩消失，海外渔场面积不断缩小，进口鱼类的增加使鱼价下跌，沙丁鱼和青花鱼等主要浮游鱼类的资源水平下降，捕鱼船只减少以及船只的老化造成的捕鱼能力下降再加上由于一些渔民的年龄增大、年轻人大量外流，燃油价格上涨等各种各样的因素，为日本渔业描述出了一副不太光明的前景。目前，日本的渔业的生产能力急剧下降，生产规模萎缩了近一半，导致食用鱼虾类的自给率显著下降，只有原来的55%。可以说日本渔业正面临着危机。
日本渔业大致可分为两个部分：以海洋沿岸为主要渔场的渔民渔业（包括养殖业和布网定点捕鱼等）和利用10吨～500吨的渔船将近海、远洋作为主要渔场的中小渔业经营体。日本渔民的数量为23万人，其中约3万人专门从事近海和远洋捕捞。在24万艘动力渔船中，90%以上都是不足5吨的船只，只能在近海进行捕鱼作业。
但是，无论是哪种形式的渔业，都面临着共同的问题———渔民和渔船的老龄化。在日本约一半的渔民年龄在60岁以上，不满40岁的只占15%。这种青黄不接的状况如果不能得到及时改善，日本渔业将受到巨大的打击。而日本目前所使用的约1800艘20吨以上的渔船，平均使用年限都已经超过了20年。这些已经老朽的渔船早在10年之前就应该更新，但是由于经营状况每况愈下，渔民们无力更新，只能超期服役了。
造成日本渔业萧条的原因是多种多样的，但要解决这个问题则是渔业界共同的目的。除了内部要解决包括水产业在内的问题以及得到政府和地方官员的支持外，还要妥善处理与周边地区相关渔业机构的关系，才能一步步解开纠结在一起的问题。
日本拥有被誉为世界第四大渔场的广大海域，海洋资源非常丰富。而日本消费者对海产品的消费需求仍然保持在800万吨以上。有人认为，随着少子化和人口老龄化程度加剧，可能会造成日本国内对海产品的需求量减少，但目前这种现象并未出现，而且日本邻近海域仍然栖息着大量鱼类。这是支撑日本渔业的重要基础。
针对目前这种状况，日本已经开始采取措施对渔业结构进行调整，比如说提高渔船的捕捞能力和确保继承者等办法，从而摆脱将面临的渔业危机。
此外，日本采取了许多措施以期恢复主要的水产资源，比如禁止捕鱼、增殖放流、制作人工鱼礁和增设养殖场以及保护海藻场和浅滩等，以达到恢复渔业资源生态平衡的目的。同时，日本还在近海海域努力开辟新的渔场。对于只在近海从事渔业生产的小规模渔业企业或渔民，可以推行充分发挥渔场的多种功能，拓展收入渠道等办法来促使当地渔业振兴。而对于远洋渔业来说，推行渔船的现代化是当务之急，用居住性更好、防火安全性能更高的现代化船只逐步取代老旧渔船，不仅可以提高生产力，还能够吸引更多年轻力壮的青年人参与渔业生产。
日本政府于2007年5月推行的对渔船渔业构造改革的对策认为，要达到这一目标，需要渔业生产部门、水产加工企业和流通领域等各方面互相配合才行，也就是说，渔业经济要在产、供、销三个方面紧密配合，才能真正摆脱渔业资源日益匮乏的局面。
