菲律宾水产业近年来快速增长，水产养殖在水产业中的增长速度最高。据相关资料显示，目前在水产行业下属的三个产业中，水产养殖业增长率最高，其次是地方捕鱼和商业捕鱼。水产养殖部门的产量主要来自池塘养殖(淡水和咸淡水)、网箱和网围养殖(淡水和海水)及海水养殖。
淡水养殖包括池塘、网围和网箱养殖。养殖的鱼类以鲢、鳙、鲤等鲤科为主，养殖地区目前以科迪耶拉和比科尔为主。
咸淡水养殖是菲律宾最主要的水产养殖活动。用于咸淡水池塘养殖的水面有143197公顷，占水产养殖生产总水面的94%。主要养殖品种有遮目鱼、对虾、罗非鱼、石斑鱼、尖吻鲈。
遮目鱼是菲律宾的重要养殖对象，已有500年的养殖历史。它的养殖方式主要有单养和混养。近几十年发展一直很快，但近些年来产量有所下滑，其原因是土地昂贵、鱼塘面积缩小、滥捕及污染、资金缺乏等。
菲律宾是养虾类先锋。养殖品种主要有斑节对虾、墨吉对虾、印度对虾和新对虾属。养殖方式多采用半精养和精养，以吕宋岛、米沙鄢群岛和棉兰老岛为主要的养殖地区。由于养虾密度增加，疾病滋生，环境恶化，加之出口市场的局限等原因，虾养殖受到一定的冲击，但产量仍然保持上升趋势。
菲律宾淡水养殖罗非鱼始于1950年，菲政府从泰国引进莫桑比克罗非鱼。由于菲律宾气候适于罗非鱼的生长繁殖，加上品种经过遗传育种改良，产量快速增长。菲律宾淡水养殖水面以山塘、水库为主，面积为5000～20000平方米，养殖方式有池养、网箱和稻田养殖等。
海水养殖在菲律宾全国沿岸海区进行，养殖种类有牡蛎、贻贝和藻类。菲律宾养殖牡蛎的品种有黄唇巨牡蛎、马拉翁牡蛎、掌根牡蛎和僧帽牡蛎四种，养殖区集中在北部，养殖方式有地播、桩养和吊养。近年来因水土流失、红树林减少等影响，牡蛎养殖正受到威胁。菲律宾养殖贻贝主要是翡翠贻贝，养殖方式为插桩法、垂下法、浮筏法、托盘法等，主要养于巴库尔湾，苗种主要依赖于自然附苗。
在菲律宾的海水养殖中，藻类的产量所占比重最大，在东南亚国家中居首位，在全球高居第二位。年产量在60万吨以上，主要集中在中南部。有经济价值的藻类有麒麟菜、蕨藻、江篱、石花菜和马尾藻等。90%的藻类产量来自麒麟菜和蕨藻。
虽然菲律宾水产养殖历史悠久并一直在发展，但由于技术、设备等比较落后，在一定程度上制约了菲律宾水产养殖的发展。菲政府为了解决这个问题，做了很多的努力。比如：实施渔业管理和发展计划，引进先进技术，正确使用渔具和政府资助养殖生产者，使水产养殖渔业产量快速增长；菲律宾政府近年来加大水产品的出口，尤其是水产养殖产品出口。据相关资料显示，菲律宾水产养殖产品出口从上世纪八十年代到本世纪一直保持上升趋势；菲律宾政府积极与各国加强水产业合作，尤其是与中国合作。2004年，中菲签署了两国渔业合作谅解备忘录，该备忘录的签署，将两国渔业合作纳入政府部门间合作框架，从而建立起两国渔业合作的新机制。2007年菲律宾国家经济发展部官员在接受“中国－东盟合作之旅”广播电视联合采访团采访时表示，期待着和中方在渔业领域开展更多合作，这为菲律宾与中国的水产养殖合作提供了良好平台。
