实际上，水草患病大多数是由于缺乏营养元素而引起的生理性病害，而感染性的病害如真菌、细菌、病毒等则很少。主要是因管理不善，而引起水草生长不良；软体动物及鱼类的伤害，也会使水草表现出各种症状。
（一）营养元素缺乏
由化学分析证明，水草中必需的矿物质元素有碳、氢、氧、氮、硫、磷、钾、钙、钠、镁、锌、铁、铜、锰、硼、氯等16种元素。这些元素或直接参与了水草的组织构成，或参与了水草体内的代谢反应，缺一不可。一旦缺乏，便会产生叶黄枯萎、生长不良等现象。易患的营养性疾病如下。
1．硫缺乏症
水草缺硫时最明显的症状是叶绿素无法会成，水草的老叶先出现枯萎发黄，叶片褪色黄化，逐渐延及新叶及茎部，最后变成黄白色，碳水化合物大量堆积，叶片中的含氮化合物因不能合成蛋白质而堆积在组织内。发现后可先在水中添加少量硫酸铵或硫酸钾，待叶片有转绿迹象后，再酌情加重施肥量。在这一过程中，一定要注意控制硫肥施量，因为过多的硫肥施加，会使水中PH值降低，不利于水草生长，若在氧气供应不足情况下，更易转化为有毒的硫化氢。而硫过量时叶小而畸形，并会限制钙的吸收。如果水中缺硫，可以添加少量硫酸钾，待叶片转绿后再加重硫酸铵的施用量。
2．镁缺乏症
水草缺乏镁的主要症状是叶绿素无法合成，光合作用被抑制，糖类、蛋白质合成便受到抑制，植物能量代谢开始混乱，对磷的利用无法进行。缺乏镁的初期，水草的叶尖、叶缘呈浅绿或浅黄色，逐渐会出现由叶绿素聚集而成的斑点，最后叶绿枯萎黄化。有时也可见枯萎黄化区域不规则地分布于全叶，间杂着灰白色的斑点。最终整片叶子发黄。出现老叶的叶脉黄化，这与其他元素缺乏症不同，其他叶缘转黄，叶尖与叶绿卷曲，植物脆弱易坏死。
治疗镁缺乏症的方法是在水中添加硫酸镁和硫酸亚铁的合剂，浓度为每立方米0.3g-0.5g , 两者比例为5:2。过量的镁会导致幼叶卷曲,高浓度的铁会减轻其毒性。
3.铁缺乏症
水草缺铁会使光合作用停止，呼吸作用停顿，叶片黄化，尤其在叶片尖端更为严重。当水草从叶尖开始枯萎黄化，再延至叶面组织及叶脉，最后蔓及整株植物，且叶片呈透明光滑的玻璃状，甚至死亡时，就可判断得了铁缺乏症。在水草水族箱中最容易发生缺铁，通常一般水草黄化的问题大多是由于缺铁造成。这时要往水中添加硫酸亚铁，为防止亚铁离子被氧化成三价铁离子，要配合整合剂EDTA施用。浓度要控制在每立方米0.lg，过多的铁会驱散水中锰及其他微量元素，还会产生磷酸铁沉淀。缺铁会生病，铁过多时水草也要生病。因此，要在施用亚铁离子超过每立方米0.lg时及时换水。铁过多时的症状表现为叶面和叶脉因磷酸铁沉淀于组织内而呈褐色或黑色，并有白色叶斑产生。严重时，整株水草组织会崩解。防治的办法是换水稀释含铁量。
4.锰缺乏症
当水草缺锰时，它的症状与铁缺乏症症状相类似，只是铁缺乏症时水草的叶绿素无法合成而使叶片黄化，叶面出现枯萎黄化，但缺锰时的症状与其他元素（尤其是铁肥）最大的不同在于其叶脉仍保持绿色，又称圣诞树病。严重时，叶面还会出现褐色斑点。如果是因为铁过量而抑制锰的吸收，首先叶脉应呈现黑色而非绿色，这种情形可用换水来解决，降低水中铁含量。若只是单纯锰缺乏，则加强施肥，如有必要，可在施肥后再添加适量的硫酸锰溶液。当锰过量时会抑制铁、钙的吸收，叶绿素分布不均匀。
5.磷缺乏症
磷缺乏症会使水草叶面组织呈浓绿色，极度缺乏时，可以发现大量的红色花青素产生，叶色与叶绿素的绿色混合导致植株呈现带紫的青铜色甚至会呈红紫色。这是由于磷离子直接参与糖代谢、呼吸作用以及光合作用，当缺乏磷时，水草叶部的糖类无法有效转换成能量，而蓄积在叶部组织，并转而合成花青素造成的。磷缺乏症发现后，要在底砂中施加磷酸二氢钠，最好直接施于水草根部。当磷过量时叶肥厚、色浓，节间变短，并会导致铜和锌的缺乏。磷肥过量还容易滋生藻类。一般有鱼的水族缸里都会磷肥过量，所以要定期换水。
6.钾缺乏症
与硫缺乏症一样，钾缺乏症首先发生在老叶上，最明显的就是因光合作用及叶绿素合成不能正常进行，只不过叶片出现的是红紫色或红褐色的斑点，有时叶缘发生枯萎黄化最后蔓延至全叶面，然而叶片中央区域开不发生枯萎黄化，反呈暗绿色，与其他变成褐色的区域泾渭分明，这与其他元素的缺乏症有所区别。缺乏钾当然要施钾施，硫酸钾、氯化钾都可以。
7.氮缺乏症
水草缺氮的外表症状是叶片黄化，尤其在老叶上更为明显，即下方的叶片枯黄、生长缓慢或几乎不生长。其原因主要是因为缺乏氨基酸的合成，叶绿素也无法合成，因此光合作用受到抑制，产生的碳水化合物无法转变成氨基酸，一切成长都停止下来。而氮素过高容易抑制钙、钾、镁的吸收同时也抑制铜、棚的吸收而导致叶片颜色暗绿，叶大茂盛，茎徒长而很少，植物体脆弱，容易受病菌的害。一般养鱼的水草缸不会缺氮，反而容易氮素过量，当氮素过量时只有通过换水来解决。
8.钙缺乏症
水草缺乏钙的主要症状是植物体的生长发育停止，尤其是在植物顶芽的部分开始停止生长，或者变形，最后枯死，而整株植物由顶芽向下逐渐枯死。这主要是由于植物体代谢异常，生长激素无法正常作用，细胞分裂无法正常进行所致。当钙过量会干扰铁、锰、镁、锌的吸收。在硬度较高的水中不会缺乏钙和镁。
9.硼缺乏症
水草缺硼时，许多生理机能受到抑制，细胞壁合成减少，生长激素失调，细胞内酚类化合物浓度增加而产生毒害，从外表看来症状较不明显。通常在初期顶芽枯死，侧芽发育不久便死亡，导致枝条丛生。因叶片细胞壁发育不完全，叶片变厚卷曲，并很容易因细菌感染而腐烂。水草缺硼可以加入0.05mg／kg的硼酸。
10.锌缺乏症
当水草缺锌时，叶子边缘卷曲呈凹凸不平，叶子包括叶脉出现坏死斑，叶子变厚，叶柄变短，植株生长节间受阻出现矮化。可以加入0.04mg／kg的硫酸锌来防治。
11.铜缺乏症
水草缺铜时幼叶叶尖坏死，蔓延至全叶变黑枯死，幼芽顶端变黑，并影响正常发技，严重时叶被出现紫红色斑。可以加 0.05mg／kg的硫酸铜防治。
12.钼缺乏症
水草缺钼时幼叶叶缘卷曲焦灼，叶脉仍为绿色，脉间有不规则杂色斑点，而且老叶易脱落。可以加 0.02mg／kg的铅酸钠防治。
13.氯缺乏症
水中一般不会缺氯，而氯过量时叶尖、叶绿似烧伤，叶子变黄脱落。应加去氯剂除氯。
（二）光照不足
水草在生长过程中由于光照不足，会降低水草的光合强度，同时也就影响了水草的正常生长发育。如红柳、红蝴蝶等红色水草，因光照不足会使叶内的花青素减少，而叶绿素增多，以后就逐渐地变为绿色，原来那种艳红夺目的色彩慢慢地消褪；绿色水草若在光照不足情况下，也表现出黄化、植株纤弱、生长不正常。如果把它放在光照充足的条件下，水单又慢慢地恢复了正常，叶色也翠绿欲滴；红色水草也变得艳红耀眼。因此，要加强光照避免光照不足而影响植株的正常生长。但是一定要根据需要，科学增加光照，因为光线太强或时间过长，会导致水草猛长，水温升高，藻类繁生。
（三）水温过高过低
水箱的水温过高，使水草的叶片或幼嫩部分发生灼伤，导致落叶或黄叶等现象发生，严重时，叶片易于腐烂和溶解。水温过低，对多数热带或亚热带水草的生长发育也会有影响。如植株体内的代谢机能降低，并停滞生长。有时也使植株全株或局部发生坏死、烂根等症状。
（四）盐害
水草的脱水是一种生理现象，其原因主要是施肥过多所致。因水中的总离子浓度高于水草体内，渗透作用会导致水草细胞失水，于是就出现缩水现象。发生轻微时，叶形变小，幼叶卷曲不伸展；若严重时，全株叶片脱落，渐而腐烂死亡。处理方法是及时换上新鲜的清洁水。降低水体中离子浓度。
（五）药害
一般水草对各种消毒杀菌药物的耐受力要低于鱼类。因此，我们在清除藻类或给鱼治病时，会因药物施用过量而伤害水草。避免的方法是给鱼治病时将鱼捞出另箱治疗；除藻类用生物除藻法，即放养一些腐屑型和滤食性鱼类等，通过生物间的作用来消除，减少用药的次数和药量。预防方法主要是在治疗缸中治病，严格按用量使用药物；使用活性炭过滤或大量换水来减轻药害。
（六）硬度
硬度对水草的伤害主要表现在，如果水体硬度不适当，水草将无法吸收水族箱中的各种营养物质。
硬度过高：水草顶芽生长点会萎缩，上部叶片下垂如同将要收台的雨伞，表现最明显的水草主要有红色系的血心兰、百叶草等，绿色系的虎耳、小对叶等。
硬度过低：水草的叶片将会扭曲或畸形生长，表现最明显的水草主要有红柳、中柳等。因此在日常管理中有水草爱好者将中柳作为指标水草， 通过它的变化来判断水体的硬度，可以免去频繁的水质监测。
