疫情发生后，农业部、广东省人民政府按照有关应急预案要求，组织做好疫情处置各项工作。当地兽医部门已按照《高致病性禽流感疫情处置技术规范》要求，划定疫点、疫区和受威胁区；在出入疫区的交通路口设立临时动物检疫消毒站，实行24小时值班，禁止易感活禽及其产品运出；对受威胁区易感家禽紧急强制免疫；对疫区内所有禽类进行扑杀，并无害化处理。同时，农业部派出的专家组还与当地兽医部门共同组织开展了疫情排查和流行病学调查，未在疫区周边地区和其它地区发现异常情况。
农业部新闻办公室9月17日发布，广东省广州市番禺区9月5日发生的疑似高致病性禽流感疫情已经国家禽流感参考实验室确诊为H5N1亚型禽流感。截至9月17日，已累计扑杀销毁鸭36130只。目前，疫情已得到有效控制。
