山东是全国畜牧养殖大省，随着畜牧规模的扩大，畜禽养殖产生的污水、粪便也在大量增加。据省环保部门测算，全省农村人畜排泄物每年总量达２．９亿吨，一些地区养殖业排放废物总量已经超过了当地土地负荷警戒值，养殖场粪便、污水的贮运和处理能力不足问题比较普遍，多数规模化养殖场没有配套建设污染防治设施，大量粪便、污水未经处理直接排入水体。
为防治畜禽养殖污染，山东省将按照区域资源环境功能要求，因地制宜，对畜牧生产区域进行规划布局，合理划定禁养区和限养区，严格控制在重点区域、流域、生态敏感区新建规模化畜禽养殖场。引导和帮助农民解决住宅与畜禽圈舍混杂问题，推进畜禽养殖小区、规模化集中饲养，加快发展集约生态养殖业。
山东省将全面推广畜禽养殖清洁生产技术，采用科学安全饲料配方，通过生物制剂、饲料颗粒化、饲料膨化等技术处理，提高畜禽的饲料利用率；推行养殖场干清粪生产工艺，实现固液、粪尿、雨污分离，减少粪污产生量。按照资源化、无害化和减量化的原则，加强畜禽养殖废弃物的综合利用和污染治理，引导畜禽业生产在农业生态系统内的良性循环。
山东省提出，今年将完成“两湖一河” （南四湖、东平湖和小清河）流域规模化畜禽养殖污染治理任务。２０１０年，规模化畜禽养殖污染得到有效治理。到２０１５年，全省规模化禽养殖场粪便污水无害化处理率达到８５％，到２０２０年，达到９０％以上。
