控制水域污染，改善生态环境
水生生物对水域中的有害物质具有很强的富集能力，要保证水产品的质量，必须从生产的源头———养殖水域抓起。随着经济的发展，水域的生态环境受到了严重的破坏,有资料表明，我国现有70%以上的湖泊受到不同程度的污染，约1／3的湖泊富营养化，3000多千米的河段鱼虾基本绝迹。面对渔业生态环境不断恶化的严峻形势，除了环保等部门要加大执法力度，减少各种陆源污染外，海洋与渔业部门应首先采取各种有效措施，最大限度地减少对水产养殖本身造成的污染。
养殖水域的容量是有限的，若不顾及区域生态环境的承载力，盲目扩大养殖规模，只能使水域的生态平衡遭到破坏，导致产量降低、病害加重、质量下降。因此，必须对养殖水域和滩涂进行科学的规划布局，整顿养殖秩序，将养殖规模控制在水域环境的负荷力范围内。
目前，我国水产养殖场、育苗场的污水基本上是不经处理直接排放的，加之很多地方的场家数量多、距离近，场与场之间的进水口、排水口往往近在咫尺，根本不能保证生产用水的质量。所以要加强水产养殖用水的排放管理，让新建场和示范场配备污水净化设施，废水排放前要经过处理和监测。
狠抓生产管理，选用优质苗种
苗种的好坏直接关系到产品的质量。按照农业部颁布的《水产苗种管理办法》和《水产原良种场生产管理规范》的要求，严格苗种生产的质量管理，重视苗种的提纯复壮和选优复壮，鼓励新品种选育与开发。多培养一些抗逆抗病、优质高产的良种。在苗种培育过程中，应做好以下几方面工作:（1）选用无传染性病原体的亲体；（2）受精卵消毒；（3）育苗用水需沉淀、消毒，使整个培苗过程呈封闭式、无病原带入；（4）苗种培育过程不滥用防治药物；（5）保证使用成熟卵及精子，并投喂高质量饵料；（6）种苗出场前，进行严格检疫消毒。
但事实上，有些苗种场被暂时的经济利益所驱动，只追求苗种的产量，苗种质量得不到保证，导致养殖种类出现生长缓慢、个体小型化、性成熟早、易生病、成活率低等遗传衰退现象。有的在育苗过程中大量使用抗生素等药物，导致苗种体质弱、抗逆性差，出池后很难适应室外的水域环境，引起大量死亡。
规范渔药使用
病害问题已成为制约水产养殖业进一步发展、影响产品质量的主要因素之—。目前，我国已发现的水产养殖动物病害近百种，每年约有20％~30％的养殖面积受到病害侵袭，直接经济损失在10亿元以上。为此，应从以下几方面抓起：科学用药，积极开发绿色水产药物（1）认识水产动物疾病及其特征，对症用药；（2）了解药物的性状和作用，掌握环境对药物的影响以及水产动物对药物的反应特点，合理用药；（3）保证水产动物的品质和水产动物栖息的良好环境，控制用药。（4）坚持预防为主的方针，有效用药。由于病害频发，导致渔药的滥用，不但污染了水质，也使养殖对象体内药残超标，影响了产品质量。目前，当务之急是规范渔药市场，制定水产养殖药物使用规范和休药期标准，加强渔药残留监控。同时，积极开发针对性强、高效、低毒、无污染的绿色水产药物，也是推动养殖业健康发展的不可缺少的环节。合理使用疫（菌）苗进行免疫和开发微生物制剂等生物渔药，都是有效的途径。
强化综合防治
提倡生态养殖和对病害进行综合防治。生态养殖既能充分利用自然资源又保护了水环境，减少了病害的发生，保证了水产品的质量。
生物防治：利用病虫害的天敌和微生物药品及生物免疫技术进行防治。首先要保护好病虫害的天敌，培养微生物制剂，从而达到用有益菌治有害菌、以有益虫治有害虫的目的。随着生物免疫技术的提高，各种生物免疫药品将成为无公害防治的首选药物。
生态防治：根据水产病虫害发生规律及需条件，通过分期控制光照、温度、水质等因素防治病虫害。如在生产管理过程中，可通过人工调温、调节pH值、注水增氧、适当种植一些水生植物净化水质等措施，既能有利于鱼虾蟹的生长，又能防治或减少病虫害的发生。
物理防治：根据健康养殖条件要求，一般水域水深要求2米~3米以上，透明度小水域30厘米~40厘米，大水域60厘米~80厘米，水色呈黄绿色或浅黄绿色，pH7.1~7.5,溶氧5毫克/升以上。这样有利于鱼虾蟹的生长，能有效地防治病虫害的发生。
化学防治：在水产养殖过程中，原则上要求不施有害的无机化学药品。一般在没有达到病虫害防治指标时，尽量不要使用。如确需药品防治，也必须以保障水产品安全为前提，适当选择高效低毒、无残留的化学药品合理使用，不能加大药物浓度。要严格禁用除草剂等有副作用的激素类药物，以免产生负面效应。
中草药防治：提倡中草药防治病害中草药具有药效长、残留少、无污染、无副作用等优点，是开展无公害水产养殖的发展方向。如槟榔、苦楝片等能防治鱼类寄生虫；将大蒜粉碎后按—定比例混入饲料中，能有效防治鱼类的细菌性疾病；将烟叶粉碎浸泡后全池泼洒防治草鱼“三病”，常能起到化学药物难以达到的效果。
研发使用健康饲料
使用健康的饲料，对于提高产品质量、减少病害、防止环境污染有重要作用。目前国内饲料生产厂家众多，渔用饲料市场比较混乱。饲料生产过程中使用不当原料和盲目添加抗生素、促生长剂等情况严重，养殖过程中因投喂劣质饲料导致养殖对象发育不良甚至死亡的现象时有发生。针对这种局面，要采取措施，严格规范饲料市场，大力开发和推广应用绿色环保型饲料，改善饵料营养组成，推广使用绿色水产饲料。降低由投饵产生的废料，就要改善饵料的营养组成和投喂方式。首先，要推广应用绿色安全、高效的水产饲料，提高饵料的利用率，同时还要加入微生态制剂，提高饵料的适口性。其次，还要摒弃以往存在的高投饲率的投饵模式。
