１．细菌性烂鳃病与鳃霉病。病鱼的共同特征是鳃瓣受损、腐烂发白。细菌性烂鳃病病鱼主要表现为：鳃丝腐烂发白，鳃丝尖端软骨外露，附有污泥和黄色黏液，鳃盖骨内表皮充血，表面常被腐蚀成不规则的透明小洞。鳃霉病病鱼主要表现为：鳃瓣点状出血，部分鳃丝发白并呈腐烂状。
２．肠炎型出血病与细菌性肠炎病。病鱼共同的特征是肠道充血发炎。肠炎型出血病病鱼主要表现为：肠道局部或全肠因出血而鲜红，肠壁微血管特别明显，肠道充血而不腐烂，有韧性，口腔出血。细菌性肠炎病病鱼主要表现为：肠道全部充血发炎呈紫红色，后肠近肛门一段尤为明显，肠壁的黏膜溃烂化脓，腹部膨大有红斑，腹腔内有黄色腹水。肠炎型出血病可注射草鱼出血病灭活疫苗进行免疫防治。
３．白头白嘴病与车轮虫病。白头白嘴病的病鱼头部和眼球区的皮肤变成乳白色，唇部肿胀，周围皮肤腐烂，并有絮状物黏附。车轮虫病的病鱼头部和嘴周围呈浅白色，头部附有一层白色粉状物质并分泌很多黏液。
