棉粕、苜蓿粉、菜粕等饲料原料以植物性蛋白质为主，鱼类对用这些饲料原料生产出来的鱼饲料吸收率低，而且吸收速度慢，对水质污染也较严重，较易引起鱼类发病，从而难以保证鱼类的正常快速健康生长，所以用这种饲料养出的鱼类一般产量会较低，而且发病率高，严重时会间接造成鱼类抗应激能力减弱，不耐长途运输。因此，养殖户在选择鱼饲料时不要简单看鱼饲料的蛋白质含量，要综合考虑鱼饲料蛋白质的质量和含量。
蛋白质饲料原料按原料来源可以分为动物性蛋白质饲料原料和植物性蛋白质饲料原料两大类。鱼粉、肉骨粉以及血粉等饲料原料含有丰富的动物性蛋白质，由于这些蛋白质所含的氨基酸与鱼类生长所需的氨基酸相似，所以用这种蛋白质饲料原料生产的鱼饲料不但吸收率高，而且还有吸收速度快、对水质污染程度低等优点，优质的鱼饲料蛋白质饲料原料应以这种动物性蛋白质饲料原料为主。
