一是导致池水缺氧危害养殖动物。淤泥中含有大量的有机物，有机物经细菌作用，氧化分解，消耗大量氧，往往使池塘下层水中本来不多的氧消耗殆尽，造成缺氧状态。养殖鱼类在溶氧3毫克/升以下时，就会抑制鱼的生长，溶氧低于0.5毫克/升时，就会造成养殖鱼类的泛塘死亡。
二是导致池水有毒物质增多危害动物。塘底淤泥和鱼类的排泄物经硝化作用产生氨，氨在硝化过程中生成中间产物———亚硝酸盐；淤泥中的硫酸盐还原菌还原硫酸盐，以及由异氧菌分解硫化物产生硫化氢。氨、亚硝酸盐、硫化氢是鱼类生存、生长过程中的剧毒物质。浓度小时，能使鱼类处于不安定状态，食欲下降，饵料系数增加，抵抗力减弱；浓度大时，会使鱼中毒死亡。
三是导致池水有害菌增多危害养殖动物。当底质恶化，有害菌就会大量繁殖，水中有害菌达到一定数量时，养殖鱼类可能发病，严重时会大量发病死亡。
大量的研究和生产实践证明，池塘淤泥增多，底质恶化，是有毒物质和有害细菌增加的罪魁祸首，是造成整个养殖水体水质污染的重要原因。近些年来，鲢、鳙、鲫等鱼类暴发性出血病的主要原因就是多年未清淤消毒的渔池淤泥中的大量致病菌引起的。改良底质环境，消除底泥危害的方法主要有：
1.清除过多的池塘淤泥。精养塘至少3年清一次淤。为了保持渔塘的肥度和水质的相对稳定，可保留15厘米～20厘米深的淤泥。虽然清淤费用较高，但可降低饵料系数，鱼病防治费用及暴发性疾病的概率，故利大于弊。
2.让池底暴晒和冰冻。在冬春清淤的池塘，可利用空闲的时间，让池底接受充分的风吹、日晒和冷冻，塘底淤泥变得比较干燥、疏松，同时又可以杀死病原体和寄生虫（卵），改善池塘生态环境，提高池塘肥力，为翌年改善溶氧状况和改良水质创造条件。
3.施放生石灰。池塘施放生石灰，除了能杀死鱼类的寄生虫、病菌和害虫等以及使池水保持微碱性的环境和提高池水的硬度、增加缓冲能力外，还能增加水中钙离子，并使淤泥中被胶体所吸附的营养物质代换释放，以增加水的肥度。塘底施放生石灰的好处很多，但施用的量要足，即每亩100千克以上；操作要细，即将池水抽至10厘米左右，生石灰用桶加水溶化后趁热遍泼全池，用钉耙把泼有生石灰的底泥翻耙一遍，使淤泥和石灰充分混合。
4.养殖与种植轮作。养几年鱼后，干塘后种植农作物。这样可以使淤泥更充分地干透，靠陆生作物发达的根系，使土壤充以空气、疏松，有利于有机物的矿化分解，更好的改良底质；同时，淤泥也是农作物很好的肥料，互惠互利。
5.在养殖生产中，利用水质改良机吸出过多的淤泥（一般要求保持10厘米以上），或者在晴天中午，翻动塘泥，以减少耗氧因子，也可以在晴天中午用水质改良机将淤泥喷至池水的表层，或用铁链等来回拖拉搅动塘泥以促进淤泥中的有机物氧化分解，降低夜间下层水的实际耗氧量，防止养殖动物浮头。
6.施用微生态制剂。在养殖的关键季节，根据池塘的具体情况，有针对性地施用光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、EM菌液等，改善底质和水质，减少有毒物质和毒害作用，增加溶氧，促进养殖动物的生长。
