首先在设计和建造养鱼池时应尽量做到符合防病的要求。其次是培育和选用体质健壮的苗种和选育抗病新品种，加强饲养管理，增强鱼体抵抗力。第三是控制和消灭病原生物。
在设计和建设养殖场时，应选择水源充足、清洁、不带病原寄生虫的地方。每个池塘应有自己独立的进、排水口直接连通引水渠和排水沟，当一个池塘鱼生病时，不至于因水流而将病原带到另一个池塘中去。
鱼类疾病的来源是多方面的，有些病在传播过程中须有一系列环节，如能切断其中一环，即能达到控制和消灭寄生虫的目的。
1．建立检疫制度。对从外地引进，或引种到外地去的种鱼、苗种进行检疫，确认无病和无病原后再放养，以防地区性寄生虫病扩散传播。
2．每年在鱼苗、鱼种放养前对池塘进行彻底的清理--清除杂物、杂草，用药物消灭池中病原生物。必须坚持年年清塘消毒，才能达到预防鱼病之目的。清塘消毒工作主要包括：
(1)清整池塘：每年冬天，待鱼出池后，排干池水，修补池埂，拔除池边杂草，并挖去过多的淤泥。
(2)药物清塘：常用的清塘药物有生石灰、漂白粉、茶饼、氨水等。生石灰不但能杀灭塘内病原、中间寄主、携带病原的动物和敌害，而且还有改良土壤、水质和施肥作用。
3．购进鱼种放养前和鱼种分塘、转塘放养前都应对鱼体进行药物浸洗消毒、杀虫，切断病原随鱼种进入池塘的途径。预防鱼病发生。
常用消毒、杀虫方法如下：
(1)硫酸铜消毒：每立方水用药8克，水温10～20℃，浸洗15～30分钟。可防治鳃隐鞭虫、口丝虫、车轮虫、斜管虫、毛管虫等引起的鱼病。
(2)漂白粉和硫酸铜合剂消毒：每立方水用漂白粉10克和硫酸铜8克。两种药物应分别溶化后再混合，水温10～20℃，浸洗15～30分钟。
(3)高锰酸钾消毒：每立方水用高锰酸钾20克，水温10～20℃，浸洗2～2.5小时。浸洗用水应尽量选用含有机质少的清水，防止在阳光直射下浸洗，以免影响药效。可防治三代虫、指环虫、车轮虫、斜管虫等引起的鱼病。
(4)敌百虫消毒：用2‰敌百虫(90%晶体)溶液浸洗10～15分钟。可防治指环虫病、三代虫病等。
(5)食盐消毒：用3～4%浓度的食盐水浸洗5分钟，对粘细菌、水霉菌及车轮虫等有杀灭效果。
具体采用何种药物消毒，要视当地易流行的鱼病和药物来源而定。鱼体消毒时浸洗时间长，对病原的杀灭较彻底。但时间过长，水中溶氧不足，会引起鱼浮头或死亡。所以在操作过程中要特别注意鱼的动态，鱼忍受不住时，应立即将鱼放入鱼池内。
4．病原体往往粘附在饲料中进入池塘，因此投喂的饲料必须清洁、新鲜，最好经过消毒、杀虫(特别是投喂草及农、副产品的鱼塘)。最好投喂颗粒饲料。
5．养鱼用的工具，往往成为传播鱼病的媒介，在条件许可的情况下，最好做到工具专塘专用。如果有困难，则要把使用过的工具经过消毒处理后再使用。公共用具可用10ｐｐｍ硫酸铜溶液浸洗20分钟，晒干后再使用；不宜用药浸洗的或大型工具每次用完后要在阳光下晒干后再用。
6．食场的残渣剩饵往往成为病原体的繁殖场所，因此要经常对食场进行药物杀灭寄生虫。
7．鱼病易发季节定期泼洒药物全池消毒和定期投喂药饵，控制病原孽生，以达到防病效果。
8．许多引起鱼病的寄生虫以其他动植物为中间寄主或终末寄主，如许多复殖吸虫的终末寄主为鸟类，因此通过消灭中间寄主或终末寄主亦可起到控制和消灭病原之目的。
9．拉网和装运活鱼时，避免鱼体受伤。
鱼体的粘液层、鳞片、皮肤、粘膜和各器官的分泌物等都有预防病菌、寄生虫侵袭的作用，当其完整无损时，许多病原生物就无法攻破这些屏障，但当鱼体受到损伤时，病原生物就有机可乘，很容易进入鱼体并大量繁生，从而爆发鱼病，如赤皮病、水霉病等通常就是在鱼受到损伤的情况下感染的。因此避免鱼体受伤是预防鱼病工作的重要一环。
鱼病流行季节前的药物预防
大多数寄生虫病的发生都有一定的季节性，掌握发病规律，及时有计划地在鱼病流行季节前内服和全塘遍洒驱虫、杀虫药物预防，是补充平时预防不足的一种有效措施。
附：鱼类寄生虫病常用药物
高锰酸钾高锰酸钾杀菌力强，能杀死微生物和一些寄生虫。在鱼病防治过程中多用药浴法：以10毫克/升浓度浸洗病鱼1-1.5小时，可杀死锚头鳋和鱼体表的几种孢子虫；以20毫克/升浓度浸洗病鱼15-30分钟，可治疗鱼类指环虫病和三代虫病。
注意事项：1、本品的水溶液极易分解而失效，因此应现配现用。2、应放置在有色瓶中密闭保存，因本品在阳光下易氧化失效。
硫酸铜硫酸铜对病原体有较强的杀伤力，特别是对原虫杀伤力更强。但是它不能杀死小瓜虫，反而可使小瓜虫形成包囊，大量繁殖。
用法和用量：1.泼洒常用浓度为0.7毫克/升，可预防车轮虫、斜管虫、口丝虫等原生动物病，也可杀死澡类等。如与硫酸亚铁以5：2比例配合，可提高渗透压，以0.7毫克/升浓度可杀死复口吸虫、甲壳类等。2.浸洗单独使用为8毫克/升，作用同上。8毫克/升硫酸铜和10毫克/升漂白粉混合液，在水温15摄氏度左右时，浸洗20-30分钟，可以预防烂鳃病、赤皮病和原虫病。3.挂袋可单用也可和硫酸亚铁以5：2的比例合用在食场挂袋，但当天的总剂量不能超过0.7毫克/升。
硫酸亚铁本品一般不具毒杀作用，因此一般不单独使用，多与硫酸铜、敌百虫合用。
敌百虫敌百虫对虫体有强烈的胃毒作用和一定的触杀作用。水产业用的多是含有有效成分90%的晶体敌百虫。
用法与用量：1.泼洒90%晶体敌百虫单独使用，用0.2--0.5毫克/升的浓度，可杀死单殖吸虫、甲壳类、水蜈蚣、蚌虾和鱼鲺等。敌百虫可与硫酸亚铁和面碱合用加强其药效。与硫酸亚铁以4：1的比例配合，剂量为0.2--0.3毫克/升；与面碱合用(1：0.6)剂量为0.2毫克/升浓度，作用同前。2.浸洗以5-10毫克/升浓度浸洗鱼体，作用同上。3.内服以1%-3%的浓度拌入饵料投喂，可驱除绦虫、线虫等肠道寄生虫。
注意事项：敌百虫除处方规定与面碱合用外，不能与其他碱性物质混合使用。敌百虫原药带酸性，忌用金属容器盛放。
碘碘为强氧化剂，有强大的杀菌、杀病毒、杀霉菌及杀原虫等作用，其作用机制可能是碘化和氧化病原体原浆蛋白质、碘对组织有强烈的刺激性，浓度越大，刺激性越强。在鱼病防治上用以治疗球虫病及嗜子宫线虫病。
用法与用量：1.球虫病每100公斤青鱼用2.4克碘或4%碘酒60毫升，制成药饵投喂，连喂4-7天。2.嗜子宫线虫病用4%碘酒直接涂于患处，治疗鲤嗜子宫线虫病。
硫酸二氯酚(别丁)为白色或近白色粉末，不溶于水，易溶于有机溶剂。本品对吸虫和绦虫有明显的驱虫效果。鱼病防治上用以治疗头槽绦虫病。其用法用量为：每100公斤鱼每天用0.7-1公斤别丁拌饵投喂，连喂3天。
现在市面上有许多杀虫效果好的药物，注意甄别对症及时选用。
