2001年9月因日本发生疯牛病（BSE），香港停止其牛肉进口。现在双方达成协议，日本出口的牛肉必须为出生后30个月内，并且已除去与BSE有关的，特定危险部位的牛肉。
2000年BSE发生之前，日本产牛肉出口香港的数量为60吨，比06年出口美国的数量（40吨）还要高。农水省还表示，期待香港能成为日本产牛肉的主要出口市场。今后要加快步伐，尽快和新加坡，中国台湾也达成协议，恢复日产牛肉的进口。
日本农水省4月25日表示，已与中国香港正式达成一致，4月27日之后，香港将恢复日本产牛肉的进口。其牛肉相隔5年半，并继美国，加拿大产牛肉之后，将重新出现在香港市场。
