一、生活污水污染
近年来，由于城乡人口的不断膨胀，以及人民生活水平的大幅提高，生活污水的排放量和有机物的含量日益增加。生活污水中产生的铁和锰等氢氧化物悬浮物引起的浑浊度，尽管对水体不产生直接危害，但因水体浑浊减少了太阳辐射，使水体初级生产力下降。生活污水产生的恶臭可导致水生生物死亡，且附着臭味的水产品其食用价值也大打折扣。生活污水中有机物大量富集，会造成水体色度加深，出现富营养化，从而导致缺氧，发生鱼类浮头及死亡事故。在湖北省武汉市，据专家估算，每年因生活污水造成死亡的鱼类在50万公斤左右。
防治方法 一是疏通渠道，避免生活污水直接排放于养殖水体；二是净化处理，保证污水无毒排放，将污水导入蓄水池中，经过滤、沉淀、分离、除去杂物，并加入生物试剂，去除毒害物质；三是装置活性污泥，通过它的吸附作用及氧化作用完成污水的净化过程；四是加强水体监测，发现水体透明度下降、鱼类浮头，迅速采取相关的控制措施。
二、工业废水污染
工业废水对渔业水体污染是毁灭性的。据专家介绍，造纸厂废水中的硫化物，可使所有鱼类致死；农药厂的产品和原料，都是鱼类的克星；冶金矿山废物中的重金属，会毒死一切水生动植物；皮革厂、肉类加工厂废水排入水体可使水色加深、浊度加重，减少了太阳辐射，限制了鱼类正常的活动与摄食；工业废水排放还有可能引起水温骤升，引发水体生物种群的变化与更迭，破坏水生生态平衡；同时工业废水的恶劣气味可致水生生物死亡，并使水产品附着异味而失去食用价值。在武汉市，据有关媒体报道，75%的死鱼事件悉因工业污染造成。
防治方法 首先，工厂建设前选址要慎重，必须按照系统建设规划，在不影响周围环境的条件下进行工业发展。其次，工业废水必须有序排放。工业废水在排放前，必须经过严密处理，在符合排放标准的条件下排放，也可以在排放时进行废水再利用处理，自废水中提炼有用的物质，达到变废为宝、综合利用的效果。
三、水资源的过度开发
水资源的过度开发尤其是水利工程的无序、无度开发也对渔业的生态环境产生间接的“污染”。拦河筑坝彻底改变了天然河道自然流态，阻隔了鱼类索饵、繁殖的洄游通道，并且大坝的构筑使鱼类天然的产卵场被淹没。浮性卵因流速、流程不够而沉淀死亡；粘性卵因失去鱼卵赖以粘附的水生维管束植物而至资源枯竭；幼鱼也会因坝流冲击过大而致死亡；原江河急流型鱼类及底栖生物因水域生态环境骤变而消亡。可见水利工程的无序、无度开发对鱼类自然资源的影响是相当大的，它直接危害到鱼类的繁殖和生存。
防治方法 一是要统一思想认识，坚持资源的适度、有序开发，杜绝不必要的小水电梯级开发；要搞好渔业生态环境调查和渔业环境监测，为了保护海洋渔业资源，保护渔业生态环境，防止海洋污染事件的发生，减少对海洋生物资源的损害；要科学合理地编制海洋环境保护规划。二是要加强环境保护意识，依法要求水利、电力部门按水利部实施的国家行业标准建设渔业增殖站。
四、养殖自身污染
养殖自身污染在渔业环境的污染中也呈发展之势。其表现形式为养殖技术的原始落后、大水面的过度开发、“三网”养殖的无序增加、盲目引进新品种、发展生态渔业和绿色渔业的意识淡薄。其主要问题是：放养前不清污消毒；引进品种不适合当地养殖；网箱养殖或鱼苗放养量过大；投放饵料营养单一，且投放量过大；放养品种混养不当，集约化养殖技术不到位；病虫害防治不到位；鱼类生活环境恶劣等等。
防治方法 一是把好清污关，放养前必须清污、晒塘，并进行消毒处理；二是把好引种关，引种必须优良、纯正，且符合当地养殖条件，不可使引进品种对当地品种及生态平衡造成威胁；三是把好放养关，放养品种要合理，规格要整齐，数量要适宜；四是把好投喂施肥关，科学投喂，合理施肥；五是把好鱼病防治关，坚持以防为主，有病早治；六是把好日常管理关，坚持巡塘，关注鱼情，做好水质调节、温度调控等日常工作，推广健康养殖新技术，走生态渔业、绿色渔业之路，确保渔业快速、健康发展。
