水产品安全
水产动物体内的渔药残留已经严重影响了水产品的质量安全，人们长期摄入含有渔药残留的水产品将影响身体健康，如磺胺类可引起肾脏损害，青霉素、四环素等药物会使敏感人群产生过敏反映，严重者可引起休克等症状。水产品安全问题已经引起社会普遍关注，使得各国对渔药残留限量的制定越来越严格，我国水产品出口屡遭绿色壁垒，近年出口的鳗鲡、小龙虾等水产品因药物残留超标而被退货。
环境保护
渔药对生态环境的毒副作用不可忽视。国外学者对许多渔药在环境中的浓度、持续时间及在食物链中的富集做了研究。Samuelsen等发现在海湾渔场使用土霉素后，淤泥中绝大部分土霉素可在第1周降解，但较低浓度残留则能存在很长时间（半衰期87天～144天）；Wollenberger等报道常用抗菌药如土霉素对大型溞有急性毒性作用，对水环境有潜在的不良作用；含氯消毒剂使用后水中含有大量的氯化消毒副产品，这些物质被证实与肿瘤发生有关。但国内研究涉及较少，对水体中泼洒大量的消毒剂及杀虫剂在水体中的蓄积、转移等尚缺乏研究。
病原菌的耐药性
在当前水产养殖中，化学药物治疗鱼类疾病已成为一种普遍现象。但是，渔用抗菌药的使用范围和剂量日益加大，养殖水体病原菌耐药性问题日趋严重，如郑国兴等对从欧洲鳗皮肤溃疡处分离出的嗜水汽单胞菌的耐药性测定结果显示，对诺氟沙星的耐药菌株率为60.0％，最小抑菌浓度（MIC）高达128微克/毫升，高于使用浓度数十倍，加大了水产动物疾病控制的难度。
有效安全渔药及其剂型贫乏
我国渔药自主研发能力薄弱，尤其是渔用化学药物主要为仿制、改进，真正从事实体化学品的研究极少，大部分渔药直接或间接地来源于人药、兽药或农药，至今尚未形成自主产品系列。专用渔药种类少，对禁用渔药替代品的研究未能及时跟上，导致禁用渔药继续使用的现象仍存在，如孔雀石绿。随着耐药菌的大量出现，抗生素的研究速度已无法解决日趋复杂的耐药性问题。
渔药药效评价的方法
正确、全面的药效评价体系不仅关系到渔药的研制与开发，而且关系到健康养殖的水产品安全。目前国内评价药效指标还不够完善。如对抗生素药效的影响因素研究较少；一些水产动物免疫刺激剂的评价标准、检测指标难以确定，检测手段比较落后；中草药的药效是由于多种成分共同作用的结果，因此对其药效的研究受到很大的局限，基本停留在MIC、最低杀菌浓度（MBC）、抑菌浓度指数（FIC）上。此外，国内很多渔药都缺乏严格而比较全面的毒理学数据，如目前在水产上被批准使用的有机磷类、有机氯类、菊酯类渔药、重金属盐类化合物及中草药，鲜有特殊毒理学、水域生态毒性研究。
渔药药学理论相对滞后
国内对渔药动力学的研究起始于20世纪90年代末，本世纪初，农业部渔业局组织部分水产院校、科研院所研究了氯霉素、环丙沙星、诺氟沙星、呋喃唑酮等在罗非鱼、中华绒螯蟹等水生动物体内的代谢动力学和残留消除规律，比较研究了给药方式、给药剂量、种属差异、温度、盐度、性别、年龄等因子对药物动力学的影响，并制定相应的最高渔药残留量的标准及其渔药的合理休药期。但研究的药物种类、药物的代谢产物，水产动物品种还远未能满足水产养殖的需要，对中草药在水生动物机体内的药学研究鲜见报道，对“首过效应”、“多药峰”现象的药物代谢机制研究目前未能作出很好的解释，还停留在描述、推导、分析阶段。
渔药的剂型与给予方式
剂型与制剂的多样性与其用途的专一性，是药物发展的重要标志之一。但目前水产上应用的渔药剂型通常仅有溶液剂、散剂和片剂等，绝大多数药物的给予方式是口服和泼洒，浸浴和注射给药应用不多，而口服法不适于食欲下降甚至不摄食的患病动物，且不可避免地会在水中溶失一部分；浸浴或泼洒不利于通过皮肤、鳃和黏膜吸收的水产动物；肌肉或腹腔注射虽相对渔药吸收快，药效好，但仅使用于亲鱼和珍稀鱼类，对操作水平要求高，应用较少。此外，渔药的剂型和给予方式不同，机体吸收渔药地速率和数量也不同，药效最终也会发生差异。
规范渔药使用、确保水产品、环境安全
用渔药防治水产动物疾病，操作简单，使用方便，来源广泛，疗效明显，往往用药对症就能起到预期的防治效果，是广大养殖户首选的方式，尤其在细菌性疾病的控制上。但水产品中渔药的残留既不能危害人类健康，又不能破坏生态环境。因此，规范渔药的使用方法，限制与禁止将新开发的人药作为渔药主要或次要成分，也限制与禁止直接向养殖水域泼洒抗生素；认真及时作好用药记录；严格遵守休药期，确保水产品与环境安全。
控制病原菌的耐药性
耐药性是后天性的，经过一段时间的停药可以消失。国外在水产上实行HACCP全程管理，使用的渔药均有记录，可以通过轮换给药，间隔给药等方法，达到抑制抗菌药的耐药性的目的。渔用抗菌药开发重点必须符合水产动物专用的要求，药物饲料添加剂应朝着无残留、抗菌、促生长、无交叉耐药性方向发展。另外，利用基因工程开发基因型渔药也是今后的发展趋势。
加强渔药药效的理论研究
深化药动力学、药效学研究，探讨同一药物在不同的水生动物体内代谢动力学种属差异性研究；研究环境因子（如温度、盐度、溶解氧等）对水生动物药动力学影响；在细胞和分子水平上建立水生动物药动力学研究方法或模型，开展中草药在水生动物体内的代谢、转化和消除规律研究；比较研究水生动物健康与非健康水平时的药动力学，建立人工诱发疾病的水生动物药动力学模型；运用群体药动力学模型将药动力学与药效学联合起来研究等等，最终掌握渔药在水生动物体内的代谢规律，渔药在体内的蓄积部位及蓄积程度，才能做到科学用药，制定细致、合理的休药期，为临床安全与合理用药提供依据，有利于知道剂型的选择和新药的开发。
加强免疫增强剂、微生态制剂、生物渔药、中草药的研究和开发
免疫增强剂通过作用与非特意性免疫因子来提高水产动物的抗病能力，并减少使用抗生素等化学药物带来的负面影响，因此比化学药物安全性高，比疫苗应用范围广，如低聚糖、壳聚糖、磺酸酯。几丁质等富含多糖、生物碱、有机酸，能显著提高水生动物的免疫功能。微生态制剂安全、低毒、有效，已经引起水产养殖者的重视，如反硝化聚磷菌。生物渔药是通过某些生物的生理特点或生态习性，去吞噬病原体或抑制病原体生长，如我们已从自然环境种筛选到一些能对海水弧菌、淡水气单胞菌等致病菌具有较强裂解作用的蛭弧菌，一周后能使致病菌浓度下降四五个数量级。中草药具有来源广泛、使用方便、价廉效优、毒副作用小、无抗性、不易形成渔药残留等特点，在预防疾病中具有广阔应用前景，如三黄粉。
新型渔药及其剂型
通过多来源、多途径的方式改造药物化学结构，或研制开发窄谱性渔药、水产专用渔药、新型消毒剂、“三效三低”渔药（即高效、速效、长效与低毒、低残留、低抗药性）已刻不容缓。由于渔药药效受外界因子影响显著，应根据水产动物的种类和规格、发病类型及程度、渔药的性质等采用不同的剂型，如微胶囊剂、缓控释制剂。
渔药的发展已进入调整前进期，水产品安全、生态环境安全是渔药发展的先决前提。渔药由国家标准化审批，渔药企业GMP规范化生产，已成为不可逆转的趋势，专用渔药、生态环保型渔药、环境修复类渔药、生物渔药、疫苗类预防渔药、诊断制剂、消毒制剂及中草药的使用会越来越广泛。使用有毒害、有残留的化学药物，滥用抗生素将受到限制或禁止，渔药处方药将提上日程，与国际逐渐接轨。
