自上世纪80年代以来，上海水产大学等单位已开展草鱼等家鱼的种质资源研究，因为养殖环境不断恶化，资源过度利用的局面并未扭转，现阶段对草鱼的种质资源现状可算一无所知。
近年来，由于过度捕捞、水域污染、水利工程建设等原因，导致草鱼天然群体的生境巨变、破碎、隔离及恶化，草鱼的天然资源已遭严重破坏并趋衰竭。在另一方面，由于许多家鱼原良种生产单位和苗种繁育单位面对诸多生存压力，对原种的保护和生产缺乏有效手段，拥有亲鱼的遗传背景不清、繁育群体数量参差不齐、小群体近亲繁殖等情况普遍存在，多年多代繁育群体进入天然水域，导致草鱼种质退化，种质问题已成为当前草鱼养殖生产主要问题之一。
与此同时，受人类活动的频繁干扰以及对资源的过度开发和利用，草鱼养殖环境不断恶化，如水域污染、养殖面积缩小、一些草型湖泊的消失等。支撑草鱼养殖发展的基础设施和条件日益老化，同时草鱼养殖环境的恶化也造成草鱼病害的频繁发生。为此，与会专家认为，切实加强草鱼的种质资源的利用和创新，摸清现状，筹划基因资源研究，积极开展草鱼的良种选育已经刻不容缓。
在正常的情况下，水产养殖的繁育应该定期从野外引入野生亲本进行种质的改良，但由于上述原因，现在这样的维护已经很难继续。种质的退化带来最直接的后果一个就是鱼生长速度降低，饲料系数提升，养殖成本大幅增加；还有一个就是病害的频繁发生，南美白对虾养殖产业就是前车之鉴。而且，在目前普遍草鱼价格普遍低迷的情况下，这两个后果更是养殖户无法承受的。
草鱼在我省养殖量大，分布广泛。在我省的云浮市，草鱼的养殖量很大，是当地最主要的水产养殖品种，而且生产苗种供应粤西和珠三角地区。近年来，每到夏天，草鱼常发生烂腮、肠炎等疾病。云浮市水产部门人士透露，本地草鱼养殖都是个体户自行繁育苗种，而绝大多数鱼苗场存在近亲繁殖严重的现象，造成品种种质老化退化，产量低。而罗定水产部门的负责人也表示，虽然现在当地草鱼的种质问题还不算严重，但他们希望能找到合适的野生亲本来更新品系，这样就能从根本上解决生长慢，发病多的问题了，而且产量和经济效益肯定会有明显增长。据了解，云浮市水产部门正筹划从长江流域和我省西江流域寻找野生草鱼亲本，用以更新品质，研究项目已上报省科委。
种质退化导致鱼生长慢、发病多，在价格普遍低迷的情况下，使养殖户的收益锐减。
