近年来，由于过度捕捞、水域污染、水利工程建设等原因，导致草鱼天然群体的生境巨变、破碎、隔离及恶化，草鱼的天然资源已遭严重破坏并趋衰竭。在另一方面，由于许多家鱼原良种生产单位和苗种繁育单位面对诸多生存压力，对原种的保护和生产缺乏有效手段，拥有亲鱼的遗传背景不清、繁育群体数量参差不齐、小群体近亲繁殖等情况普遍存在，多年多代繁育群体进入天然水域，导致草鱼种质退化，种质问题已成为当前草鱼养殖生产主要问题之一。与此同时，受人类活动的频繁干扰以及对资源的过度开发和利用，草鱼养殖环境不断恶化，如水域污染、养殖面积缩小、一些草型湖泊的消失等。支撑草鱼养殖发展的基础设施和条件日益老化，同时草鱼养殖环境的恶化也造成草鱼病害的频繁发生。为此，与会专家认为切实加强草鱼的种质资源挖掘、利用和创新，摸清现状，筹划基因资源研究，积极开展草鱼的良种选育。
自上世纪80年代以来，上海水产大学等单位开展草鱼等家鱼的种质资源研究以来，因为养殖环境不断恶化，资源过度利用的局面并未扭转，现阶段对草鱼的种质资源现状更是一无所知，因而与会专家认为开展对我国草鱼种质资源现状的调查与研究，摸清我国草鱼种质资源现状显得十分迫切。
当前国际上生物基因组研究正方兴未艾，为此有专家认为应以草鱼为水产动物的模式研究对象，积极筹划和开展鱼类的基因组研究，应用比较基因组和功能基因组的研究方法和手段，研究与重要经济性状相关的基因的结构和功能，构建鱼类基因组研究和开发的技术平台。
与会专家一致认为应积极开展草鱼的良种选育工作，通过高度集成数量遗传学和分子遗传学的原理和技术，开发出适宜的草鱼良种选良技术，培育自主知识产权的水产良种。同时开展草鱼主要选良经济性状（生长、抗病、搞逆等）的分子遗传基础研究，建立相关遗传图谱，进行数量经济性状基因座位（QTL）的研究和遗传功能分析，探明良种选良性状遗传变异的分子基础。
