渔业生产额为136300万日元，比前一年降11.6%。鲇鱼苗产额由前一年的49300万日元下滑到27300万日元，而其主要原因是受04年强台风的影响，鲇鱼卵受灾情况严重，鲇鱼产量大幅下降。
琵琶湖中暗色颌鬚鮈（Gnathopogon caerulescens）产额为2700万日元，比前一年增50%。濑田蚬产额为5300万日元，同比增20.5%。大口黑鲈（Micropterus salmoides）产额为3500万日元，同比增59.1%。长脚虾产额为2000万日元，同比减少25.9%。而淡水珍珠贝和鲇鱼等养殖业的生产额为1100万日元，同比降50%。
