一些专家怀疑：给家禽接种禽流感疫苗可能使一些禽流感病毒具备了一定的抗药性。
他们指出，疫苗只能减少家禽体内的病毒数量，少量留存下来的病毒依然有使禽流感暴发的可能，且这种暴发可能没有大规模的家禽死亡作为前兆。
也有专家比较乐观。世界卫生组织全球流感项目协调员福田敬二表示：“我们确实面临着看得见的风险。但禽流感病毒如果发生变异，其变种既有可能导致流感在人群中大面积暴发，也可能对人类没有什么危害。”他还表示，尽管禽流感病毒已使数百万只家禽和候鸟遭感染或被扑杀，并导致150多人死亡，但还没有变异到可以轻易在人群中暴发的程度。
美国田纳西州儿童研究医院的流感专家理查德·维比指出，就算禽流感病毒会发生变异，但科学家们还不清楚到底要经过哪些变异，禽流感病毒才能在人群中暴发。他认为，出现多起突发性、不明原因的人传人病例才是禽流感在人群中大面积流行的最明显征兆，而眼下还未出现这种情况。
