1．抗菌类药物
(1)抗生素类：常用的有土霉素、青霉素、强力霉素、金霉素、甲砜霉素、氟苯尼考等。
(2)磺胺类：有磺胺嘧啶、磺胺甲基嘧啶、磺胺间甲氧嘧啶、甲氧苄氨嘧啶等。磺胺类药物在鳗鱼饲料添加剂中已禁止使用。
(3)喹诺酮类：有氟哌酸(诺氟沙星)、氟嗪酸(氧氟沙星)、吡哌酸、噁喹酸、萘啶酸等。此类药物抗菌效果普遍较好，具有抗菌范围广、杀菌能力强等优点，是防治水产动物细菌病的有效药物。
在抗菌类药物中，抗生素类中的红霉素、氯霉素、泰乐菌素、杆菌肽锌已被禁止用于鱼病防治及作为饲料药物添加剂。磺胺类中的磺胺噻唑(消治龙)、磺胺咪(磺胺呱)被禁用。喹诺酮类中的环丙沙星已被禁用，恩诺沙星药残已作为限制鳗鱼出口日本的一主要因子。另一类抗菌药物硝基呋喃类中的呋喃唑酮(商品名为痢特灵)、呋喃西林(又名呋喃新)、呋喃它酮、呋喃那斯也已被禁用。养殖户在生产过程中可用其它抗菌药物代替。
2．水体消毒剂
常用的水体消毒剂有以下几类；
(1)卤素类：聚维酮碘(碘伏)、二氯异氰尿酸钠、三氯乙氰尿酸、溴氯海因、二溴海因、二氧化氯、漂白粉等。
(2)醛类、醇类：甲醛溶液(福尔马林)、戊二醛、乙醇(酒精)等。
(3)碱类：氧化钙(生石灰)、氢氧化铵溶液(氨水)等。
(4)氧化剂：高锰酸钾、过氧化钙、过氧乙酸、双氧水(过氧化氢)等。
(5)重金属盐类：螯合铜、硫酸铜等。高浓度的重金属盐有杀菌作用，低浓度具有抑制酶系统活性基团的作用，表现为抑菌效果。
(6)表面活性剂：新洁尔灭、季铵盐类等。
(7)染料类：甲紫、亚甲基蓝、吖啶黄等。染料可分为碱性和酸性两大类，影响生物代谢。
3．抗寄生虫药物
(1)染料类药物：常用的有亚甲基蓝等，可防治鱼卵的水霉病、幼鱼和成鱼的小瓜虫病、车轮虫病、斜管虫病等。
(2)重金属类：硫酸铜、硫酸亚铁合剂。
(3)有机磷杀虫剂：如敌百虫。
(4)拟除虫菊酯杀虫药：如溴氰菊酯等。
(5)咪唑类杀虫剂：甲苯咪唑、丙硫咪唑等。
必须注意过量的铜可造成鱼体内重金属积累，而敌百虫在弱碱性条件下形成敌敌畏，其对人的危害极大。
在抗寄生虫药物当中，孔雀石绿具有强毒、危害人体健康，有致癌性，已被禁用，在生产中可用亚甲基兰代替。另一类汞制剂杀虫剂如硝酸亚汞、氯化亚汞、醋酸汞、甘汞（二氧化汞）、吡啶基醋酸汞等各个种类已被禁止使用。拟除虫菊酯中氟氯氰菊酯(又名百树得、百树菊酯)、氟氰戊菊酯被禁用，此类药物虽未全禁，但还是少用为好。另外多种农药如地虫硫磷、六六六、毒杀酚、滴滴涕DDT、呋喃丹(克百威)、杀虫脒、双甲脒等被禁用。养殖户应杜绝使用这些种类药物，可用其他杀虫剂代替使用。
4．抗真菌药物
有制霉菌素、克霉唑等，另外食盐、亚甲基蓝等也可起到抗真菌作用。
5．抗病毒药物
病毒性疾病的症状经常是在病毒增殖高峰过去后才表现，用药效果往往不明显，防治效果多不突出。常用的有病毒灵、盐酸吗啉呱、金刚烷胺、碘伏等。但目前还未能找到真正有效治疗病毒病的药物。
6．环境改良剂
包括益生素、沸石、麦饭石、膨润土、三氧化二铁、过氧化钙、三氧化二铝、氧化镁等，主要作用是改善水质、底质，以及对微生态平衡、生物指标的调控。
7．调节代谢及促生长药物
激素、酶类、维生素、矿物质、微量元素及其他化学促生长剂等。
8．生物制品和免疫激活剂
生物制品包括各类菌苗、疫苗。如光合细菌、EM菌、草鱼灭活疫苗等，可起杀虫效果的如苏云金杆菌、阿维菌素等。
9. 中草药
包括大蒜、大黄、五倍子、水辣蓼、菖蒲、黄芩、苦参等。将中草药原料煎汁提取有效成分泼洒养殖池或粉碎拌入饲料，可以防治鱼类细菌性和寄生虫等疾病。中草药相对其它药物安全环保，品种功能多样，应作为防治鱼病的首选。
其他如清塘药物中五氯酚钠已被明令禁止使用，在实际生产中可用鱼藤酮及市场上的其它药物如清塘净等代替。化学促长剂中喹乙醇早巳被禁止使用，性激素类中甲基睾丸酮、丙酸睾酮等制剂；硝基咪唑中的甲基唑、地美硝唑等被禁用。
