事件发生后，农业部立即会同国家食品药品监督管理局组成调查组，赴多宝鱼主产地区山东省调查了解水产品养殖用药情况。同时，要求近期派往各地的农产品质量安全督察组，将硝基呋喃类等禁用兽药违规使用情况也列为督察重点。
农业部还立即下发了关于加强水产养殖用药监督管理的紧急通知，要求各地迅速采取措施，开展禁用兽药专项检查，从兽药的生产、销售和使用各环节切实加强监督管理。同时建立健全相关法规规章，加大宣传培训力度，指导帮助广大渔民、农民科学、合理、规范用药。
多宝鱼的主产地山东省在获悉上海市食品药品监督管理局的情况通报后，省海洋与渔业厅紧急通知各市，要求以高度负责的态度认真对待，并组织开展对多宝鱼的药物残留专项抽检和摸底检查工作；同时要求各生产企业严格产品出厂(场)检验制度，严禁未经检验合格的产品上市。
