规划提出，“十一五”期间，我国渔业发展的主要任务之一是确保水产品安全供给。要完善水生动物防疫、水产品质量安全法律法规、标准、检验检测体系、认证认可体系和生产全过程质量监管体系，保障安全、优质、充足的水产品有效供给。
水产品质量安全发展目标指出，“十一五”期间，水产养殖重大病害大面积爆发的趋势将得到控制，发病率年均降低1个百分点；渔药、饲料等水产投入品使用将基本得到规范；水产品质量安全法律法规体系、质量标准体系、认证认可体系和检验检测体系将进一步完善；水产品质量安全监管体系基本建立，水产养殖产品主要药残指标检测合格率达到90%以上，大中城市批发市场、大型农贸市场和连锁超市的水产品质量抽检合格率达到96%以上，渔业应对国际贸易壁垒能力增强。
农业部在渔业发展“十一五”重点工程中，着重提出了水产品质量监控工程。在“十一五”期间将逐步完善渔业管理制度，确保渔业发展质量。通过创新捕捞许可制度，完善养殖证制度，健全水产品质量安全监管制度，积极开展无公害基地认定和无公害水产品认证工作，不断推进建立大中城市批发市场水产品准入制度等。在积极探索新的渔药管理制度基础上，建立完善水产品质量监管机制，强化公共危机应急反应能力，切实保证水产品质量安全。
