作为一种新型的生猪供应管理模式，该系统在国内率先采用网上申报的方式，保证了基地、屠宰场和监督部门的信息对称，尤其对异地生猪基地的管理和回运将起到良好的保障作用。
深圳市肉检所有关工作人员告诉记者，基地供深生猪管理系统投入使用后，生猪基地在向深圳屠场运输生猪之前，首先要通过系统提前进行网上申报。申报人员须详细填写供深生猪的检疫证号、检疫人、承运人、运输车号等信息。生猪运至深圳屠场后，驻场的动检人员将记录下进厂信息，并同时输入电脑。屠宰前，动检人员还要对生猪进行检疫，填写屠宰前的检疫信息。
市肉检所所长但琨介绍说：“以第一个环节基地申报为例，基地工作人员填写完申报信息后，深圳的动防部门通过系统马上就可得知相关情况。深圳与生猪基地监督部门、生产部门因此做到了信息及时沟通。”
据了解，近日江西省高安市、湖南省长沙县供深生猪再度查出“瘦肉精”，深圳市已暂停两产地的生猪入深。从今年年初至今，深圳市共暂停14个产地的“问题猪”入深。但在日常检测过程中，深圳市农业部门发现，有的供应商将已暂停供深的生猪打上其它地方的名称后又运往深圳。“该管理系统投入使用后，类似的作假行为将难钻空子。”但琨表示。
“现在深圳98％的生猪由外地供应，把好肉品安全的关键在源头。”但琨告诉记者，经过各方努力，深圳市肉品的“瘦肉精”检出率已由2003年的40％下降到目前的不到3％。
今年9月，深圳市农林渔业局公布了首批6个生猪生产基地，这6个基地生猪年产量达19.5万头。第二批供深生猪生产基地认定工作正在进行当中，预计数量较第一批有所增加。
但琨表示，首批供深生猪基地的管理人员和各屠场的检疫技术人员已在日前通过该系统的操作培训。同时，深圳市还在考虑对信誉良好的供深生猪基地开设绿色通道，降低抽检密度，集中力量抽检不守信用的供应商。
