1、耐药菌株的产生。某种曾经有效的抗生素在生产上低剂量、长时间使用后，会出现药效减弱或完全消失的现象，这是因为病原菌对抗生素产生的抗性或耐药性，即产生了耐药菌株。
2、在水产品中产生药物残留。抗生素使用后进入水生动物的血液循环，大多数会被排出体外，极少数则会残留在体内组织中，并且随着多次使用在体内蓄积起来。
3、破坏微生态平衡。抗生素的使用在抑制或杀灭病原微生物的同时也会抑制这些有益微生物，使水生动物体内外微生态平衡被破坏，导致微生物恶化或消化吸收障碍而引起新的疾病。
4、对免疫系统有抑制作用。抗生素对免疫系统的作用主要表现为对吞噬细胞的抑制。一是抗生素直接影响吞噬细胞的功能；二是通过影响微生物而影响吞噬细胞对微生物的趋化、摄取和杀灭等功能。
抗生素在水产养殖疾病防治中虽然有较好的应用效果，但是随着人们生活水平的提高，对水产品的质量安全意识不断增强，抗生素利弊之间的矛盾日益激化，已经引起人们的普遍关注。因此，为了生产无公害水产品，提升水产品质量，应该科学、合理地认识抗生素使用的利与弊，要谨慎使用抗生素，严禁使用国家违禁的氯霉素、红霉素、杆菌肽锌、泰乐菌素、环丙沙星等抗生素药物，以确保养殖水产品安全卫生。
