2006年7月12号，阿克苏地、市动监部门接到群众举报，发现阿克苏市兰干办事处英阿瓦提社区养禽户附近有死鸡情况后,动监部门技术人员立即赶赴现场进行流行病学调查,初步诊断为临床怀疑高致病性禽流感,并按技术规范要求采集病料,派专人当日送自治区动监总站中心实验室检验。7月14号接自治区防重办通知诊断为疑似禽流感,7月17号上午10时,国家禽流感参考实验室确诊为H5N1亚型高致病性禽流感。
疫情发生后，阿克苏地委、行署高度重视，迅速召开四套班子领导及地区防治重大动物疫病指挥部成员单位参加的紧急会议,通报阿克苏市发生禽流感疫情,对全地区疫病防控工作进行了紧急安排部署,地市迅速启动紧急预案,阿克苏市在疫点疫区受威胁区紧急设立道路检查站,实行封锁,同时在阿克苏市通往各县(市)主要交通要道设立公路检查站,严防家禽及产品流向外地,关闭阿克苏市区所有禽类交易市场和重点屠宰市场,禁止活禽及其产品流返上市, 地区防治重大动物疫病指挥部下发紧急通知对全地区所有家禽进行全面强制免疫,组织协调畜牧、卫生、城建、工商、卫生防疫、环保、财政、水利、林业、广电等相关部门协同作战，各负其责，全力以赴抓好防控工作。
自治区领导在接到阿克苏地区疫病报告后高度重视，迅速批示，要求采取果断措施，全力以赴，抓好防控工作，上海市委、市政府得到疫情消息后，立即组织安排防控物资，在最短的时间内，将防控物资送抵阿克苏。
在地（市）防治重大疫病指挥部的安排部署下，在国家农业部和自治区防控工作组的指导下，从7月12号至7月20号阿克苏地、市抽调由动监、乡镇、城建、卫生防疫、红旗坡农场、街道办事处等单位人员组成的扑杀、消毒队伍，进入疫区对家禽进行了全面扑杀、消毒。截止目前，疫区家禽扑杀工作已全面结束，疫情已得到有效控制,阿克苏市区未出现人感染高致病性禽流感疫情。
