大力推广水产品标准化基地建设从2002年起，北京市在主要农产品生产基地、养殖小区中推行农业标准化示范工作。经过3年的努力，水产标准化基地共建成128家。标准化基地建设遵循“高档次规划、高标准设计、高质量建设、高效益生产”的四高建设原则，在建设中突出“五有”，即生产基地有良好的环境、有统一规格的标牌、有统一规范的生产管理标准、有完善的生产管理措施、有高质量的宣传标语。基地在生产中推行三个制度：一是在企业中推行宣标、贯标、制标活动，要求企业要大力宣传标准化生产，有标贯标，无标制标，全面推进标准化生产；二是推行生产记录卡和登记卡制度。要求所有基地均要有不同时期的生产记录，包括清塘时间、苗种投放时间、饲料投喂情况、池塘消毒及鱼病发病和治疗的情况等，并建立电子管理档案。三是实施执行标准公示制。所有基地所执行的标准均要求在显著位置进行公示，严格按相关行业生产标准组织生产。
无公害水产品认证工作在北京市开展无公害水产品认证工作中，北京水产部门向全市农口各行业及重点农业生产企业进行了宣传、动员工作。组织召开了有各县区农委、各行业服务中心及大型生产企业参加的，关于开展无公害认证工作的动员会，要求各县区成立专门组织机构，负责实施无公害的认证工作。积极做好无公害水产品的认证和转换工作。北京市农业局水产处派专人协助北京市农产品安全办公室对转换单位的环境检验报告、产品质量检验报告和技术措施等内容进行检查，并提交农业部无公害农产品认证渔业分部。全市认证的安全食用农产品基地的水产企业近90家，有21家水产企业的13个品种，转换为无公害水产品的认证。
水产品质量监测检测体系初步建成该体系由市级水产质量安全中心和10个区县级水产品质量监测站组成。建设内容主要包括：建设水产质量安全中级实验室。中级实验室建成后，将从事渔业环境、饲料、检疫、产品质量等方面的检测；建设区县级水产质量初级实验室。各初级实验室将从事渔业环境、检疫等方面常规项目的检测。水产质量安全中级实验室于2004年12月28日至30日通过了农业部部级实验室的“双认证”工作，即农业部部级机构审查认可与国家计量认证。正式挂牌成为：“农业部渔业产品质量监督检验测试中心（北京）”。该中心在2005年主要承担了三个检测项目，即：“北京市渔业环境常规监测”、“北京市水产品安全监测与监督抽检”和“农业部2005年北京市草鱼、鲫鱼、罗非鱼药残抽检”。
重点作好投入品的管理工作为解决水产品中氯霉素及其他禁用药物的残留问题，提高水产品质量，保障消费者食用安全。一是重点整治、查处违法生产、经营、使用禁用兽药活动。二是查处在水产养殖、捕捞生产中违法使用禁用药物的行为。在渔药治理中，重点治理渔药的进入途径，理顺各种管理关系，抓好源头工作，并建立完善的定期监督制度。
