《畜禽标识和养殖档案管理办法》包括畜禽标识管理、养殖档案管理、信息管理和监督管理几个方面。《畜禽标识和养殖档案管理办法》颁布后，农业部2002年5月24日发布的《动物免疫标识管理办法》将同时废止。
新的管理办法对畜禽标识作了进一步的规范，要求在畜禽出生后30天内加施畜禽标识；从国外引进畜禽，在畜禽到达目的地10日内加施畜禽标识。畜禽标识实行一畜一标，编码具有唯一性。动物卫生监督机构实施产地检疫时，应当查验畜禽标识。没有加施畜禽标识的，不得出具检疫合格证明。
办法还规定畜禽养殖场应当建立养殖档案，内容包括畜禽的品种、数量、繁殖记录、标识情况、来源和进出场日期；饲料、饲料添加剂等投入品和兽药的来源、名称、使用对象、时间和用量等有关情况；检疫、免疫、监测、消毒情况；畜禽发病、诊疗、死亡和无害化处理情况；畜禽养殖代码等。县级动物疫病预防控制机构应当为畜禽养殖场和畜禽散养户建立畜禽防疫档案，包括名称、地址、畜禽种类、数量等。
