微生态制剂又称益生素、活菌制剂、生菌剂或促生素。目前在水产养殖中应用的微生态制剂均为有益菌，普遍被用作控制和改善养殖水体微生态环境的水质调节和用作促进生长的饵料添加。
使用微生态制剂调节水质有二大功能：一是改良水质。微生态制剂中的有益菌进入水体后，发挥其氧化、氨化、反硝化、解磷、硫化、固氮等作用，迅速分解养殖动物的排泄物、残存饲料、动植物残骸等有机物，有效降低了水体氨氮和亚硝酸盐浓度；有机物分解后的盐类为单细胞藻类生长繁殖提供了营养，单细胞藻类的光合作用，又补充提高了水体的溶氧。由此，构筑、维持了良好的生态水环境。二是防病。养殖水体中施放了微生态制剂的有益菌，其不仅竞争性排斥病原菌，维护水中微生物菌群的生态平衡，避免水生生物遭受致病菌的侵袭而发病，而且还可产生或含有抗菌物质和多种免疫促进因子，活化机体的免疫系统，强化机体的应激反应，增强抵抗疾病能力和提高存活率。
生物肥料是一种新型的含有益微生物的高效复合肥料。水产养殖的专用生物肥料，一般由有机和无机营养物质、微量元素、有益菌群和生物素、肥料增效剂等复合组成。其既能培肥水体，促进鱼、虾、蟹、蚌饵料生物的大量繁殖生长，又能改善水质，减少病害，有效避免泛塘，促进鱼、虾、蟹、蚌迅速生长。有关试验和使用表明，使用生物肥料养殖，其成本较传统的碳铵、磷肥低，但养殖效果明显优于传统的碳铵、磷肥养殖模式。
水产养殖应用生物肥料具有四大优点：一是来肥迅速、肥效持久。一般晴天上午使用，第二天即会产生水色变化，正常情况下肥效可持久达十天左右。培肥的水色以硅、裸、隐、金藻和轮虫等饵料价值高的黄绿至黄褐色为主，与传统化肥的墨绿色、蓝绿色的水色有明显区别。二是调节水质，改善底质。生物肥料中所含的微量元素除供给水生生物直接利用外，还可与水体底质中某些有害物质结合，解除其毒性，减少对养殖鱼、虾、蟹、蚌的毒害。同时通过在肥料中有益微生物的作用，可降低水体中的悬浮物及降解氨氮、硫化氢、亚硝酸盐等，对调节水质、改善底质也有很好的作用。三是增加溶氧，减少浮头和泛塘。除水质调节能提高水体的溶氧外，生物肥料中的生物素可提高藻类的新陈代谢，增强光合作用效率，合成较多的有机物和产生氧气，有效地避免缺氧现象。四是提高免疫能力，预防疾病。生物肥料的生产工艺，一般须经微生物固体发酵处理，肥料中的致病菌能被有效地抑制，其所含的微量元素能改善水生动物的生理机能，提高其免疫力，增强抗病力。同时，水体环境的改善、水中溶氧量的增加，也可以减少病害发生。
微生态制剂和生物肥料在水产养殖上的使用，需注意三点：一是环境是否适合有益菌的生存和繁殖，如同时使用消毒剂、抗生素或使用间隔时间短等，会降低作用效果，一般应间隔至少在5天以上。二是有益菌的活化和繁殖，需要耗氧，因此，施用时间最好在晴天上午或施用后补充增氧，则能发挥出较理想的作用和效果。三是应使有益菌尽快形成优势并能持续，所以，所含活菌数要达一定的指标，首次使用和换水后使用用量要足，并坚持长期连续使用，效果可达最佳。
