我国目前加工罗非鱼的企业有 120家左右，专业加工罗非鱼的企业有 30家左右。主要产品有3大类，其一，浅去皮罗非鱼片，其规格为2／3、3／5、5／7、7／9、9／11(盎司)；其二，深去皮罗非鱼片，主要规格为3／5、5／7(盎司)两种；其三，条冻罗非鱼，主要为原条、两去及部分三去，出口市场为美国、欧盟、非洲、中东、日本等。其中条冻罗非鱼生产量占42％-46％，但条冻罗非鱼加工技术含量低，市场价位也低，利润不大。同时，由于季节、纬度、养殖技术、罗非鱼品种等因素的影响，我国加工的罗非鱼鱼片以3／5规格最多，很难达到国际市场以5／7鱼片销售为主的需求量。所以，加工罗非鱼的企业基本上处于半停产状态，而且发展速度和规模扩大的速度也不乐观。在设备的使用上，大多数企业采用的有半自动罗非鱼开片、修整线、半自动鱼片去皮机、鱼片及活鱼、手动发色柜、自动真空封口机、自动螺旋式和钢带输送式速冻隧道、自动金属探测仪，采用的技术有木烟发色、Co发色、臭氧消毒、低温速冻、超低温速冻、检测高科技仪器有高效液相色谱、原子荧光光度计，质普仪，所采用的标准为《HACCP管理体系》。
目前我国罗非鱼加工业迅速发展的同时还存在不少问题，因而在争取出口市场、收购原料鱼时，往往出现“内讧式“恶性竞争。这种松散型的产业结构，严重阻碍了我国罗非鱼产业化的发展和深化。
1、企业产业化水平不高。
我国加入WTO后，企业应积极参与国际市场的竞争，我国罗非鱼科研、加工、销售基本上还处于各自独立的状态，产业链尚未有机地组装起来，企业实力不强，难以形成产业化、规模化，也难以形成具有实力的龙头企业。罗非鱼加工出口进入快速发展期，但由于企业自身实力不强，罗非鱼出口形式部分是承担外商代理加工出口，许多是接台湾的第二手定单，缺乏自主出口渠道，这种代加工出口方式，不利于扩大出口，提高企业经济效益，也不利于企业自身的发展壮大。
2、罗非鱼条冻加工科技含量及附加值低，难于适应市场竞争。
我国目前罗非鱼产品出口主要以冷冻罗非鱼全鱼为主，也就是去鳞、去内脏的条冻罗非鱼。从出口统计量看，条冻目前占整个罗非鱼产品出口量的 70％，但这种产品要示技术含量低，市场的价格也较低，在西方国家中市场销售的定位主要是低收入阶层，此类产品主要市场是在非洲、中东、墨西哥等地区。我国目前很多罗非鱼加工企业就是以此类产品为主，由于销售量有限，价格低，利润低，企业发展缓慢，甚至于半生产、半停工状态。
3、罗非鱼深加工产品的包装滞后。
我国是罗非鱼养殖量最大的国家，其总量大幅增长，综合生产效益明显增长。但由于种种原因，尤其是包装问题，在出口方面，往往受到很大损失。究其原因，主要是企业和商家均不重视罗非鱼产品的包装，在罗非鱼加工出口企业中，大部分企业对产品外包装尚存在各种模糊认识。有些企业的经营者甚至认为，出口的罗非鱼只有自身的质量好就足够了，外包装无关紧要。外包装质量差导致罗非鱼产品出口的损失，主要表现为：其一，材质不过硬，经不住长途运输和多次搬运，造成包装体的破碎，损坏了产品的内在质量。尤其是罗非鱼产品，一经污染，便成了次品、废品。其二，不符合“绿色包装”的要求，材料中含有污染环境和影响健康的有毒成分，最终影响了水产品自身的质量。其三，包装标识图案及文字识明不符合进口国的要求和规定，最终导致产品“退回没商量“。如今，美国、欧盟等国家已将罗非鱼产品的包装检验标准从原先的几项十几项增加到几十项，有些指标甚至细微到了包装的印刷层面，例如：标签，只要是在包装上少了个标识，即使品质再好也照退不误。
4、罗非鱼产品质量和检测标准没有同美、欧同步。
由于我国加入WTO，一些发达国家不能再依靠指定配额来限制我国水产品出口，于是纷纷提高进口产品的质量检测指标，即“绿色壁垒”来提高进口的门槛，而这样的贸易壁垒又是WTO所允许。在罗非鱼产品中，产品质量、生态养殖技术、开展绿色、有机罗非鱼生产正受到越来越多的重视。“孔雀石绿”、结晶紫、氯霉素等药物残留在美欧受到严格控制。所以如果我国罗非鱼产品要进入美欧市场，就必须设立我们自己的罗非鱼出口产品质量监测体系，并根据国际市场的发展逐步提高安全、卫生等指标，达到国际先进水平，从而提高我国罗非鱼产品质量，以此主动打破贸易壁垒，让更多高质量的罗非鱼产品打入国际市场，树立良好的品牌形象。
5、在品质及规格上与国际市场有较大差距。
目前，我国罗非鱼产品出口在规格及品质上与国际市场有较大差距：(1)国际市场上冷冻罗非鱼片以4至6盎司，5至7盎司为主。而我国的罗非鱼加工企业却很难大量获取此类规格的罗非鱼，冷鲜罗非鱼鱼片，在保鲜技术上又远远落后，使得我国罗非鱼加工企业不能为美欧市场提供最受消费者欢迎的高附加值的产品。(2)罗非鱼为杂食性鱼类，常有欧美人讨厌的泥腥味，因此上市前必须改良饲料，改善水质(必要时可泼洒一些沸石粉)，要在清水中暂养一段时间，当然最好用海水，这样可去除泥腥味，并使肉质紧密富有弹性，符合国际市场对品质的要求。但由于技术及其它原因，我国罗非鱼产品较少有达到此等高品质的要求。
6、生物技术在罗非鱼加工中应用不足。
在我国传统的罗非鱼加工产品中，冷冻两去全罗非鱼(去内脏、去鳞)，由于加工条件有限(机械不完善、不先进所至)，会产生大量的下脚料，如果不进行有效的处理，不仅会污染环境，浪费宝贵的蛋白质资源(经检测，罗非鱼下脚料中含有完全的肌蛋白、肌蛋白质、肌动蛋白、胶元蛋白、粘蛋白、软骨蛋白、弹性蛋白等成份)。目前，这些废物的利用仅限于加工咸鱼粉等低值制品，未能充分利用蛋白质资源。如果能利用生物工程技术、酶工程技术，则下脚料经过脱腥脱臭技术处理，开发必须氨基酸含量高而价格合理的功能性食品及蛋白源配制颗料饲料(宠物用饲料)而出口或内销，则能很好提高罗非鱼深加工的附加值，并大幅度增加企业经济效益。
虽然，我国罗非鱼加工业存在不少问题，但在国际市场对罗非鱼产品有巨大的需求，我国罗非鱼资源丰富、生产成本低廉等优势下，罗非鱼加工业具有巨大的前景及强劲的产业带动能力。在以后的发展中，以罗非鱼龙头企业+基地+农户的产业化组织形式，建立完善的技术和质量安全检测监督体系，实施龙头加工企业带动战略，扶持、发展、壮大一批具有竞争力的水产加工流通企业，增强辐射带动作用，形成企业发展规模化基地、基地带场、场带养殖户的联动局面，将质量优、效益佳、市场前景看好的罗非鱼产品培植成国际和国内名牌，以此带动相关企业或产品的发展，实现罗非鱼产业目标，使我国罗非鱼生产在国际市场上具有核心竞争力。
