调查发现，由于环境污染、筑河坝、围湖造田等人为因素，太湖鱼类从历史记录的１０７种减少到７０多种，长江江苏段鱼类从１６１种减少到１１０多种。同时，许多历史上的经济鱼类逐渐趋向濒危，长江中鲥鱼、白鲟、松江鲈等鱼类已经进入濒危状态，日本七鳃鳗、中华鲟、胭脂鱼、鯮、长身鳜等鱼类已经被列为易危种类。
江苏省许多大中型湖泊的水生高等植物种类数量也大为缩减，上世纪８０年代末在洪泽湖湖区的调查中发现有８１种水生高等植物，此次调查发现这一湖区的水生高等植物种类已不足４０种。此外，水蕨、野生莼菜、中华水韭、秤锤树等物种已经接近灭绝。
此次调查还发现，外来入侵物种正在威胁江苏省的生态安全，造成了巨大的经济损失。由于外来入侵物种杀死或排挤当地植物，原本依靠当地植物生存的动物也就紧跟着大量减少，引起生态系统中物种的单一化，进而导致水土流失、火灾、虫灾以及当地特有生物资源丧失等生态问题。
