正因为蛋白质对鱼类的生存和生长有着举足轻重的作用，各养殖户热切关心饲料的蛋白质含量就理所当然了。不少养殖户甚至将蛋白质含量当成了评价水产饲料质量的惟一指标，其实这种看法是不全面、不科学的。蛋白质按原料来源可以分为动物性蛋白和植物性蛋白两大类，其中鱼粉、肉骨粉以及血粉等含有丰富的动物性蛋白，由于这些蛋白所含的氨基酸与鱼生长所需的氨基酸相似，所以这种蛋白不单止吸收率高，而且还有吸收快，对水质污染程度低等优点，因此优质的水产饲料的蛋白应以这种动物性蛋白为主；而棉籽粕、苜蓿粉、菜籽粕等以含有植物性蛋白为主，用这种原料为主生产出的水产饲料鱼类对其吸收率，而且吸收慢，对水质污染较严重，因此较易引起鱼体发病，从而难以保证鱼类的正常快速健康生长，所以用它来养出的鱼一般产量会较低，而且发病率高，严重时会间接造成鱼大量死亡，致使养殖户血本无归。
从本质上来讲，鱼类对蛋白质的吸收利用就是对必需氨基酸的利用，这是因为蛋白质是由氨基酸构成的。植物性蛋白所含的鱼类必需氨基酸较少，以致它的吸收率低且产生的废物及有毒物质多。笔者建议养殖户在生产中，尽可能将有限的资金投入到选用优质饲料中去，在保证蛋白指标充足的前提条件下，选用以优质的动物性蛋白原料为主的全价饲料。
