因此，独立行政法人水产综合研究中心通过遗传因子的排列进而进行成分分析的方法对菲律宾蛤仔的产地辨别技术进行了开发研究。这次，农林水产省利用预算开支（“农林水产研究高度化事业”紧急课题，即应型调查研究），对国内生产和进口的菲律宾蛤仔（包括从中国进口和从韩国南岸进口的菲律宾蛤仔）的线粒体DNA的全长进行了分析，对其盐基的分配的异同进行了彻底的研究。
结果，研究发现中国产的菲律宾蛤仔是2系统，韩国南岸的菲律宾蛤仔是1系统，而且水产综合研究中心对其数据进行了系统的整理。
根据分析得出的数据，我们对不明系统的进口菲律宾蛤仔，通过分析线粒体的盐基排列，对照分析数据就可以判定菲律宾蛤仔的产地。另外，由于盐基排列解析很复杂，需要花费大量的时间，水产综合研究中心对盐基排列差别最大的中国产菲律宾蛤仔通过利用PCR开发出快速鉴别方法。该项技术，预计将转移给独立行政法人农林水产消费技术中心等机构，这些机构是以JAS法为基础，负责科学检验技术鉴定的机构。
