为避免与产品质量法所调整的“经过加工、制作的产品交叉重复，本法调整的农产品不包括工业生产活动中以农产品为原料加工、制作的产品。明确规定，“本法所称农产品，是指来源于农业的初级产品，即在农业活动中获得的植物、动物、微生物及其产品”。
农产品质量既包括涉及人的健康、安全的质量要求，也包括涉及产品的营养成分、口感、色香味等非安全性质量指标。需要由法律规范、监管、保障的，应是农产品质量中的安全性要求。本法对此作出明确规定：农产品质量安全“是指农产品质量符合保障人的健康、安全的要求”。
农产品质量安全标准是农产品质量安全评价的重要依据，也是农产品质量安全管理的重要手段。本法明确规定，国家建立健全农产品质量安全标准体系。农产品质量安全标准是强制性的技术规范。同时要求，制定农产品质量安全标准应当充分考虑农产品质量安全风险评估结果，并听取农产品生产者、销售者和消费者的意见，保障消费安全。
农产品的包装和标识，对于方便消费者识别农产品质量安全状况，对于逐步建立农产品质量安全追溯制度，都具有重要作用。本法专章对农产品包装和标识加以规范，针对备受关注的转基因农产品特别作出规定，属于农业转基因生物的农产品，应当按照农业转基因生物安全管理的有关规定进行标识。
本法建立了农产品质量安全的信息发布制度。其中明确规定，发生农产品质量安全事故时，有关单位和个人应当采取控制措施，及时向所在地乡级人民政府和县级人民政府农业行政主管部门报告；收到报告的机关应当及时处理并报上一级人民政府和有关部门。发生重大农产品质量安全事故时，农业行政主管部门应当及时通报同级食品药品监督管理部门。
农业投入品是影响农产品质量安全的重要因素，本法对此作出严格规定。明确指出，对可能影响农产品质量安全的农药、兽药、饲料和饲料添加剂、肥料、兽医器械，依照有关法律、行政法规的规定实行许可制度。同时要求定期对可能危及农产品质量安全的这些农业投入品进行监督抽查，并公布抽查结果。如果使用的保鲜剂、防腐剂、添加剂等材料不符合国家有关强制性的技术规范，将责令停止销售，对被污染的农产品进行无害化处理，对不能进行无害化处理的予以监督销毁；没收违法所得，并处二千元以上二万元以下罚款。
按照农产品质量安全标准对农产品加强监督检查，是保障农产品消费安全的重要措施。本法明确规定国家建立农产品质量安全监测制度。县级以上人民政府农业行政主管部门应当按照保障农产品质量安全的要求，制定并组织实施农产品质量安全监测计划，对生产中或者市场上销售的农产品进行监督抽查。
同时明确规定农产品质量安全检测机构不得向被抽查人收取费用，抽取的样品不得超过国务院农业行政主管部门规定的数量。农产品质量安全检测机构伪造检测结果的，责令改正，没收违法所得，并处五万元以上十万元以下罚款。农产品质量安全检测机构出具检测结果不实，造成损害的，依法承担赔偿责任。
