此前，由于美国出现疯牛病，日本自2003年底起停止从美国进口牛肉。在美方的压力下，2005年12月，日本恢复对美国牛肉的进口，但规定只进口生长期在20个月以内的牛，并且美方有义务去除牛的脑、脊柱和脊髓等危险部位，因为导致疯牛病的变异普里昂蛋白在这些部位最容易聚积。但是，由于2006年1月20日空运至日本成田机场的一批美国牛肉被查获含有违规的牛肉脊柱，为此，日本政府再度实施对美国牛肉的封杀令。
美国副国务卿佐利克曾为此赴日斡旋，代表美国政府向日本表达“诚挚的歉意”。并指出，美国政府已经就此事展开全面调查，并已取消了违规公司的出口资格。
事件的发生同样让日本首相小泉承受了巨大的压力，当初正是小泉力主尽快对美国牛肉进行解禁。日本主要反对党--民主党主席前原诚司表示，内阁在这一事件的处理上严重失职，仓促的解禁导致日本国民的生命安全受到了巨大威胁。
在国内舆论的强大压力下，小泉表示，美国人必须明白，日本的安全标准是非常严格的，日本绝对不会改变只进口20个月以内的牛的既有标准。
日本农林水产大臣中川和美国农业部长约翰斯(Mike Johanns)都将出席2006年4月于日内瓦召开的世界贸易组织(WTO)官员会议。两人表示，将在日内瓦对牛肉进口一事进行会谈。
