方案针对当前我国水产养殖业存在的资源利用不合理、病害频发、产品质量不高、良种化水平低等突出问题，结合我国水产养殖业发展形势、特点和“十一五”水产养殖业发展的要求，提出三个转变方向：一是推行水产健康养殖方式，促进水产养殖向资源节约、环境友好的方向转变。二是推广水产良种和渔业科技，促进水产养殖向效益型增长方式转变。三是实施水产养殖生产全程的质量监控，促进水产养殖业发展由数量型向质量型转变。
方案确定2006年要重点创建130个农业部水产健康养殖示范区，其中包括100个水产生态养殖示范区（场）、20个养殖水域滩涂规划示范县和10个水产养殖病害预防示范区，结合农业部为渔（农）民办实事工作，为示范区内养殖户提供病害防治、安全用药等水产健康养殖技术培训，培育1万个水产健康养殖示范户，辐射带动10万户养殖渔民，覆盖养殖水面500万亩。
方案要求各级渔业行政主管部门要充分认识水产养殖业增长方式转变行动的重要意义，统一思想，用科学发展观指导“十一五”水产养殖业发展，促进渔业发展由扩大规模、追求产量、浪费资源的粗放型增长方式向资源节约、环境友好的生态、优质、安全、高效的集约型增长方式转变。
