1、光合细菌
①该菌的活菌形态微细、比重小，若采用直接泼洒养殖水体的方法，其活菌不易沉降到池塘底部，无法起到良好的改善底环境的效果，因此建议全池泼洒光合细菌时，尽量将其与沸石粉合剂应用，这样既能将活菌迅速沉降到底部，同时沸石也可起到吸附氨的效果。
②适时使用，使用光合细菌的适宜水温为15℃－40℃，最适水温为28℃－36℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用。注意阴雨天勿用。
③与有机肥或无机肥混合应用光合细菌效果明显，并可防止藻类老化造成水质变坏。
④视水质实际状况决定应用方法，水肥时施用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质积累，改善水体环境和培育天然饵料，保证水体溶氧；水瘦时应首先施肥再使用光合细菌，这样有利于保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，酸性水体不利于光合细菌的生长，应先施用生石灰，间隔3－4天后，调节pH值后再使用光合细菌。
⑤避免与消毒杀菌剂混合使用，因为作为活菌，药物对它有杀灭作用，水体使用消毒后须经5天后方可使用，使光合细菌在水体中产生优势竞争性，抑制有害菌生长。
⑥光合细菌质量的简单辨别方法：称取食用果绿色素0.1克，溶于100毫升自来水中，配成深绿色的鉴别色素溶液，取待测的样品10－20毫升装于干净、透明的玻璃管中，滴2滴鉴别绿色素溶液于装有待测样品的玻璃管中，观察其颜色的反应，若样品为优质光合细菌产品，绿色素溶液则会与红色光合细菌分层，上层绿色为绿色素溶液，下层红色为光合细菌液，摇动之后稍微放置，分层仍是存在，滴加的鉴别绿色素溶液越多，绿色层所占的比例越多，最后，整玻璃管都为绿色，若为假光合细菌或劣质产品，可见滴加的鉴别绿色素溶液会溶于红色产品中，绿色溶液与红色溶液不会分层，轻轻摇动后，两者颜色会混匀，样品的红色加深，红中带有点紫，滴加的绿色色素溶液越多，颜色就会逐渐加深为紫黑色。
2、芽孢杆菌
①该菌为好气性细菌，当养殖水体溶解氧高时，其繁殖速度加快，分解大分子有机物的效率提高，因此在泼洒该菌的同时，须尽量同时开动增氧机，以使其在水体繁殖迅速形成种群优势。
②由于芽孢杆菌系化能异养菌，因此当养殖水体底质环境恶化，藻相不佳时，应尽快应用芽孢杆菌，其可迅速利用大分子有机物质，同时能将有机物质矿化生成无机盐为单细胞藻类提供营养，单细胞藻类的光合作用又为有机物的氧化、微生物的呼吸、水产动物的呼吸提供氧气。循此往复，构成一个良性的生态循环，使池塘内的菌相和藻相达到平衡，维持稳定水色，营造良好的底质环境。
③使用芽孢杆菌前活化工作为必须的措施，活化方法通常为采用本池水加上少量的红糖或蜂蜜，浸泡4－5小时后即可泼洒，这样可最大程度提高芽孢杆菌的使用效率。
④作为有益微生物，芽孢杆菌同样要避免与消毒剂同时应用池塘，以免丧失效价。
3、硝化细菌
①由于硝化细菌的生物特性与其他活菌不同，使用时不需要经过活化处理，不需用葡萄糖、红糖等来扩大培养，反之则会使硝化细菌失活，因此使用时只需简单的用池塘水溶解泼洒即可。
②硝化细菌的特性是繁殖速度较慢，20多小时才能繁殖一代，不象芽孢杆菌2分钟繁殖一代，所以投放硝化细菌后，一般情况需4－5天后才可见明显效果，因此提前投放时间应是解决这个矛盾的好方法，同时为了更好地提高硝化细菌作用效率，在实际应用中若芽孢杆菌或光合细菌与其一起应用的话，硝化细菌应提前数日运用，避免繁殖速度快的活菌竞争空间。
③硝化细菌不可与化学增氧剂如过碳酸钠或过氧化钙，因为这些物质在水体中分解的出氧化性较强的氧原子，会杀死硝化细菌，所以最好错开1天后使用。
④由于硝化细菌是附着在无机物上，在高位池中采用的中间排污，会排走大量的硝化细菌；特别是刚投放的前几天，硝化细菌的繁殖尚未进入高峰期，这时排污会使硝化细菌作用不明显。因此在高位池中，最好在使用硝化细菌后4－5天内基本不排水或少排水。在投放硝化细菌时，如结合质量较好的沸石粉同时泼洒，使之快速沉于水底而不易被排走。则效果更佳。
⑤养殖池塘的酸碱度及溶解氧与硝化细菌的使用效果有较大的关系，硝化细菌对pH值的适应范围为5－10，但在低于7或高于8.5的水体中硝化细菌的繁殖会受到一定的影响，最适宜范围为7.8－8.2，同时硝化细菌在将氨氮转变成亚硝酸盐进而转变成硝酸盐的过程，是一个耗氧过程，但其是微需氧，在其转变过程中所需要的溶氧很少，在使用硝化细菌的水体中，溶氧只要不低于2毫克／升即可。
⑥纯化硝化细菌，其保存及包装工艺是决定其使用效率及保存期限的关键，因此其载体须使用200－300目以上的特殊物质，且其水分含量要低于5％，并需采用无氧包装，只有这样才能确保实际应用效果。
