新疆的马鹿品种有3个——阿尔泰马鹿、天山马鹿、塔里木马鹿。人工驯养的马鹿已达5万多头，是迄今为止新疆驯养、繁殖规模最大的一种野生动物，即使人工驯养后仍保持有野性。东北及内蒙古等地的马鹿品种改良，大多以新疆马鹿为良种，新疆马鹿在全国马鹿的杂交繁育研究中具有战略种源地位。
目前,新疆已建立起3种马鹿的种源基地。其中，天山马鹿种源保护与繁育基地已把胚胎移植等技术运用到马鹿的繁育中，建立起鹿场标准化管理信息系统。利用胚胎移殖技术，使新疆马鹿的品种改良大大缩短了时间，对优化马鹿品系结构,并有效地提高了新疆良种马鹿的繁殖速度及繁殖率，使珍贵的野生马鹿资源真正实现规模化。其次，通过规模化繁殖新疆马鹿良种，为全国鹿业发展提供优良的良种，促进产业更新发展，提高产业整体生产水平和经济效益。据了解，阿勒泰、昌吉、伊犁、巴州等地大大小小的马鹿养殖场星罗棋布，塔里木盆地已建成亚洲最大的马鹿养殖基地。
