优良品种的繁育是确保海水养殖业持续发展的物质基础。
应用现代生物技术高效、快速定向，对具有重要经济价值的海水养殖动物进行遗传性状研究、培育良种是当前海水养殖业发展的迫切需要。
针对这一需求，应以建立国家级高技术优良良种繁育中心的定位取向，紧紧抓住海水养殖产业发展的龙头———良种繁育技术，采用经典的遗传育种技术和现代生物技术相结合的方法，培育生长快、品质优、抗逆能力强的海水养殖动物新品种并进行规模化种苗培育，以逐步扭转目前我国海水养殖业中存在的新品种培育严重滞后于产业发展的现状，以应对海水养殖业对优良品种的迫切需求，实现养殖产业的良种化和产业的可持续发展。
全国苗种产业的市场容量达200多亿元。
青岛市的海洋科研院所已具有达到分子水平的生物技术，如：
转基因技术，已培植出转生长激素基因的真鲷、转报告基因的海带；
多倍体诱导技术，已培植出三倍体牡蛎、三倍体扇贝、三倍体鲍鱼、三倍体对虾；
人工性别控制技术，已培植出全雌性牙鲆鱼、全雌性对虾；
克隆技术，已成功地培植出克隆鱼、酶法藻类全克隆苗种；
引进驯化技术，已成功地引进驯化了海湾扇贝、南美洲白对虾、蓝对虾、大鲮鲆、美国红鱼等国外优良品种。
利用青岛的海洋生物技术优势，瞄准全国的种苗市场，建设现代化、大规模的育苗基地，会使海洋苗种业迅速成为青岛新的海洋支柱产业。
目前青岛市建立的海水养殖种子基地有4处，分别是：
⑴海水养殖种子工程北方基地—青岛分基地
为了推动我国海水养殖种子工程高新技术的发展及其成果的产业化，并促进我国北方海水养殖业的结构调整和产业升级，以中国科学院海洋研究所、中国海洋大学、中国水科院黄海所为技术依托，由青岛金瀛海洋科技发展有限公司投资筹建的“海水养殖种子工程北方基地－青岛分基地”，日前获国家863计划批准立项。
该基地的主要研究内容包括：
扇贝良种选育，在家系选育和群体选育两个水平上开展研究，通过家系的建立，杂交等对比实验，以期获得稳定遗传的纯系和优良品种（系），达到产业化目的；
皱纹盘鲍的遗传改良，通过家系建立及杂交对比实验，筛选出优良的品种（系）或杂交组合，以期获得生长速度快、抗逆性强的新品种（系）；
循环水育苗优化设施的研究，通过全封闭高效循环水水质净化技术的研究，建立能用于生产的高密度循环水育苗生产系统。今年将完成扇贝育苗1亿到2亿粒，单体牡蛎5000万粒，皱纹盘鲍600万粒。
⑵青岛国家海洋科研中心水产种苗产业化基地
青岛国家海洋科研中心水产种苗产业化基地于2001年1月1日批准立项，由中科院海洋研究所、水科院黄海水产研究所、中国海洋大学、山东省海水养殖研究所和即墨市政府共同投资建设。总体规划面积为2000亩，计划总投资3亿元，分3年实施。主要进行水产种苗繁育、饲料加工和海洋药物、食品生产等项目的开发。项目全部建成后，将在滨海大道鳌山卫段形成集水产种苗繁育、饲料加工、水产养殖、科研培训和旅游观光为一体，充分体现海洋特色的综合性产业化基地。
基地一期工程主要由青岛即墨水产良种繁育基地、青岛市4家科研院所的育苗车间以及办公、生活设施组成，占地面积436亩，总投资8211万元，建成后将形成建筑面积50000平方米，总育苗水体21000立方米，总养殖水体10000立方米的生产规模。
目前青岛即墨水产良种繁育基地7个育苗车间5400立方米水体已投入生产，春季育虾苗5000万尾，在育海参幼体5000万头，牙鲆50万尾，大菱鲆苗种20万尾。
⑶国家863计划成果产业化基地
该基地以中国水科院黄海所、中国海洋大学为技术依托，由青岛红岛蛤原良种开发有限公司投资筹建国家863计划成果产业化基地，该基地主要从事菲律宾蛤仔良种的繁育，拥有建筑面积800平方米的高密度饵料藻类培养车间一座；高密度贝类幼虫、稚贝培育车间一座，面积700平方米；办公实验大楼一座。计划2003年年底再建成面积为800平方米的蛤类高密度培育车间一座，使菲律宾蛤仔以及其他贝类苗种年产量达到50亿粒以上，年收入达到1000万元。
该基地在2002年被农业部确定为国家级菲律宾蛤仔良种基地。
⑷青岛海水鱼工厂化养殖产业化基地
该基地由青岛润勃水产有限公司投资建设，现有工厂化养殖车间21300平方米，基地的特色将是：
1、保证鱼类的优良品系。
2、无公害生产，促进产业升级。
3、推出生态立体养殖模式和技术，净化养殖水环境，保护海洋资源。
目前所养殖的具有经济价值的大西洋牙鲆、圆斑星鲽、欧洲鲽等，都是北方海域中可发展的名贵鱼种。海水鱼工厂化养殖已初步形成规模化、产业化。
该基地的示范与带动作用体现为：
通过海水养殖种子基地的建设，集中技术依托单位的单项技术成果，在基地开展技术的集成、整合、中试示范，培育出可以带动一项产业，致富一方百姓，拉动农村经济的数个新品种（系）。
通过技术整合与中试，把基地建成种子工程高新技术的孵化器、海水养殖优良品种选育与中试示范基地、新养殖种类、新技术引进开发基地以及水产养殖新技术培训与辐射中心。
逐步实现我国北方地区海水养殖业由野生型养殖向品种型养殖的转变，为我国海水养殖产业升级改造构筑科技成果转化的平台，不断推动养殖业的发展。
该基地已完成总投资1．6亿元，完成土建工程91120平方米，形成养殖和育苗水体共计43380立方米。培育各类优质苗种12亿单位，带动辐射区养殖面积40000余亩，生产各类优质渔用饲料11000吨。
