而政府方面虽然以没有赔偿的根据为由相抗衡，但截至最近，一直鼓励渔民使用孔雀石绿的行为却引发了争议。
韩国内流河养殖协会会长朴天坤7日访问海洋水产部，并提出通过收购进行赔偿的要求说：“政府应该收购并废弃被检测出孔雀石绿的养殖场鱼类。”
朴天坤主张说：“截至最近，政府一直通过渔民用教材等指导人们使用孔雀石绿，但现在却只把养殖业主看成罪人。”
内流河养殖协会预计，收购被检测出孔雀石绿的36个养殖场的鳟鱼和香鱼需要50亿∼60亿韩元。
海洋水产部则认为，由于没有法律依据，很难进行赔偿。另外，即使是被检测出孔雀石绿的地方，在经过个别检查后，如果证实了其产品的质量安全，将允许其对外发货。
《自然灾害对策法》等法律中虽然包括水产品受害赔偿的依据，但并不是说适用于此次事件。还有人指出，使用孔雀石绿属于不法行为，政府不能对不法行为进行赔偿。
海洋部水产政策局局长李善俊说：“虽然没有法律依据，但从稳定国民心理的角度出发，正在讨论进行部分赔偿（收购及废弃）的方案。”
据悉，海洋部正在讨论是否能将此次事件适用于农水产品价格稳定相关法律第9条。第9条规定：“为稳定不具有储藏性的农水产品的价格，海洋水产部长官和农林部长官可以在必要时进行收购。”
另外，海洋部当初虽然决定不对海水养殖场进行孔雀石绿检测调查，但如今改变了方针，将在一个月内进行调查。
国立水产科学院质量卫生组组长李泰植表示：“将在全体1638个海水养殖场中抽取160个养殖场，对偏口鱼、甲鱼、真鲷、梭鱼和虾等5种鱼类进行孔雀石绿调查。”
