经专家认定，猪链球菌病的主要污染源是病猪和带菌猪，而对病猪的处置不当是造成本病传播的重要因素。从生产环节看，发生疫情的地区，千家万户都有养殖生猪的传统。但这次疫情中的病死猪均来自散养户，而大型规模化养猪场和专业养猪大户均没有出现生猪感染。分散饲养的养殖户，由于饲养环境差、卫生标准低，消毒和防疫措施几近空白，都促成了疫病的发生。
从流通、消费环节看，引起这次疫情的直接原因是宰杀、食用病死猪。根据动物防疫法，动物因病或不明原因死亡必须实行无害化处理。而对于病死的猪，很多农民舍不得掩埋就自己宰杀分食，少部分出售给非法商贩。就这样，病死猪肉的检疫和无害化处理，在部分地区成了空白，造成了这次疫病暴发。
这次疫情的发生，再一次充分证明了建立健全农村检疫防疫体系的重要性。当前，畜禽养殖业已经成为农村经济的支柱产业之一，但人畜共患病的流行和传播，又对城乡居民健康带来新的威胁。健全农村检疫防疫体系，不仅是保证畜牧业长期健康发展、促进农民稳定增收的内在要求，更是从源头上控制人畜共患疾病发生、保护城乡居民身体健康和生命安全的迫切需要。对各地各级政府来说，这项工作不是可有可无，而是关系重大，应该抓紧做好这件大事。
当前，在不少地方，基层防疫机构受到严重削弱。由于投入不足，检疫防疫人员待遇低下，人才断档，基础设施严重不足，许多环节漏洞百出。只有加大投入力度，整合资源，理顺体制，建立起覆盖面广的农村动物检疫防疫网络，才能使卫生防疫的“盲区”得以消除。
建立检疫防疫体系，必须加强广大农民的防疫技术指导和法制宣传教育。基层防疫机构应帮助广大养殖户及时掌握疫病防治基本知识，提高防疫防病意识，引导农户改善卫生条件、净化饲养环境。同时，还应积极宣传贯彻动物防疫法，加强市场及流通环节的监管，加强对牲畜调运、交易和屠宰等环节的执法监督与服务，严格禁止运输、加工、经营病死牲畜，以最大限度地减少疫病发生和传播的机会。
