厦门建立的这套海洋环境管理体系为ISO14001标准，最大的好处在于，由于标准中对每一个重要环境因素，都建立和保持一套以文件支持的程序，按照这个程序，海洋综合管理中所要确定的重要问题和目标，都可以转化为该体系下具体可操作的管理方案。
而对于普通渔民来讲，最大作用体现在，管理规范化后，通过对渔业水域的环境监测，海洋渔业部门可以更科学合理地测出该水域是否适合养殖，是否值得加大或者减少投入，甚至细到饵料投放多少都可以有个量化标准，从而大大提高渔民们在养殖业中的投入产出值，或者减少投入，避免损失。
据厦门市海洋渔业局介绍，针对目前厦门海洋环境管理现状，体系标准的建立还将间接地对海域污染的预防起到作用。目前厦门海域的水产养殖自身污染大约在十比一左右，也就是说投入养殖产出一分就会同时产生九分的污染物；而通过体系建立、绿色行政管理的方方面面，将为管理的科学规范奠定基础。
另外一层意义在于，建立完整体系标准，与国际惯例和规则接轨，对于实现海洋经济的持续发展有深远的影响，厦门的海域面积不大，仅有390平方公里，海岸线只有234公里，地域狭小、资源有限，保护和开发的矛盾尖锐，而厦门的海洋经济约占全市GDP的1/4左右，港口、风景旅游等都依托海洋资源，因此海洋资源的合理开发利用殊为关键。
