曾经是博茨瓦纳三大支柱产业之一的畜牧业（主要是养牛业），从上世纪80年代起就开始呈现逐渐下滑的态势。1966年博茨瓦纳刚刚独立时，畜牧业曾占到国民生产总值的30%左右，占出口税收总额的70%，可到了2004年，这两项指标则分别只有3% 和 1.7%。据博茨瓦纳中央统计局数据显示，上世纪80年代，博全国养牛数量从300万头下降到250万，而粮农组织（Food and Agriculture Organization）统计显示，经过上世纪80年代至今的长期萎缩，目前博全国的养牛数量大概维持在170万头。造成博畜牧业萎缩的主要原因是，干旱、牛肺病和口蹄疫之类的疾病，以及旧的畜牧习惯和管理模式，都对畜牧业的发展产生了不良的影响。
从养殖方式来看，畜牧可以分为散养和圈养两种。圈养具有小牛出生率低、死亡率高等缺点，与散养方式相比，小牛出生率低出10-30%。畜牧业还有一个养殖数量和该地区动物容纳量相协调的问题，特别是在共用的散养区，容纳量根据气候条件及旱季、雨季的周期变化而不同，在博茨瓦纳的某些散养区已出现过量养殖的情况，从而破坏了生态平衡。一般来说，一旦养殖数量超过了250万头，就需采取数量调控措施和调整养殖区管理政策，以避免严重的过量养殖。还有，受传统做法的影响，博茨瓦纳的牛肉一直都是靠屠宰在散养区长大的成牛，这个养殖过程就得2-3年或更长的时间，而其他农业发达国家则采取将7-9月大的小牛送往围栏肥育地，经过100-110天的精心饲养后，再送到屠宰场宰杀，这样以来，既缩短了养殖时间，又扩大了奶牛的生长区，可以说，传统的屠宰散养成牛的做法已在阻碍着畜牧业的发展。据预计，如果全国都采用把小牛送到围栏肥育地饲养的方法，那么每年可供屠宰的牛的数量可以从现在的27万上升到70万，而这并不需要增加全国的牛群数量。
博茨瓦纳的牛肉出口长久以来一直由博茨瓦纳肉联公司（Botswana Meat Commission，简称BMC）所垄断，这显然同南部非洲关税同盟（SACU）的规则相违背，再加上受欧盟牛肉市场低迷价格的影响，BMC所能支付给养殖户的收购价格也非常低，纳米比亚屠宰场的收购价格比BMC高出40%，南非的收购价格则更是BMC的两倍，所有这些都严重影响到博茨瓦纳的牛肉出口，因此，也造成了博养殖业的萎缩。此问题已引起了博政府的关注。
有专家学者建议改变传统的畜牧习惯，取消BMC的垄断地位，放开经营，实施贸易自由化，以重新振兴博茨瓦纳畜牧行业。
